Samardžić je osumnjičen da je sudjelovao u fizičkom zlostavljanju te ubojstvu 20 Bošnjaka s područja Foče tijekom rata u BiH, a istragu protiv njega do sada je vodio Okružni sud u Trebinju.
Tužiteljstvo BiH zatražilo je međutim da mu se taj predmet prepusti a državni je sud taj zahtev prihvatio s obrazloženjem kako Samardžićev slučaj spada u red "posebno osjetljivih" s obzirom da postoji osnovana sumnja kako je on počinio teška kršenja međunarodnog humanitarnog prava.
Odjel za ratne zločine pri Sudu BiH utemeljen je početkom ove godine upravo s ciljem procesuiranja ovakvih slučajeva dok bi se postupci u manje osjetljivim slučajevima i dalje vodili pred sudovima na nižim razinama .
Državni tužitelj Marinko Jurčević ranije je izjavio kako je trenutačno gotovo deset tisuća osoba pod istragom zbog sumnje da su umiješani u ratne zločine.