To znači da će prestankom važenja tih dvaju zakona Federacije BiH od 1. siječnja 2006. godine biti ukinuto Ministarstvo obrane Federacije BiH i dosadašnja Vojska Federacije BiH u korist psotojanja Ministarstva obrane BiH na državnoj razini i oružanih snaga BiH također na državnoj razini. To je prvi put nakon rata da Vlada Federacije BiH traži ukidanje nekog od svojih ministarstava.
I vlada Republike Srpske, kako je danas službeno potvrđeno, također planira predložiti zakon o prestanku postojanja dosadašnjih ministarstava obrane i oružanih snaga u tom entitetu u korist obrambeno-vojnih struktura u BiH na državnoj razini.
Te promjene u entitetskim ministarstvima obrane i oružanih snaga dio su reformi dosadašnjih obrambeno-vojnih sustava u BiH radi njihova prerastanje u obrambneno-vojni sustav BiH na državnoj razini, što je jedan od uvjeta za euroatlantske integracije BiH. Ove se reforme odvijaju na poticaj međunarodne zajednice.