U prijedlogu izmijenjene optužnice Delića se dodatno tereti za kršenje ratnog prava i običaja zbog ubojstava i okrutnog postupanja, koja su pripadnici Armije BiH počinili nad civilima hrvatske nacionalnosti i zarobljenim pripadnicima HVO-a u hercegovačkim selima Doljani, Grabovica, Uzdol, te u gradu Bugojnu.
Postojeća optužnica tereti ga za ubojstvo 24 hrvatska civila i zarobljena pripadnika HVO-a u selu Maline/Bikoši u općini Travnik 8. lipnja 1993., te za smrt 14 srpskih zatočenika i silovanje tri zatočenice u logoru Kamenica kod Zavidovića u ljeto 1995.
Kao počinitelji tih incidenata navode se pripadnici postrojbe "El Mujahid" iz 3. korpusa ABiH, u čijem su sastavu bili borci iz islamskih zemalja.
Prijedlog izmijenjene optužnice obuhvaća zločine domicilnih pripadnika Armije BiH, kao što su napad 44. brdske brigade na selo Doljani kod Jablanice 28. srpnja 1993. u kojem je ubijeno devet civila, neki od njih na izrazito okrutan način. Delića se tereti i za napade na selo Grabrovicu kod Jablanice i Uzdol kod Prozora, 8. do 14. rujna 1993. u kojima je ubijeno ukupno 56 hrvatskih civila, uključujući žene, djecu i starce te cijele obitelji.
Za ta dva pokolja u Haagu je suđeno Delićevu zamjeniku, generalu Seferu Haliloviću, kome bi presuda trebala biti izrečena 16. studenoga. Delića, koji je naredio Haliloviću da istraži zločine u Uzdolu i Grabovici i kazni počinitelje, tereti se jer nije poduzeo daljnje korake kada zamjenik nije izvršio njegovu zapovjed.
Prijedlogom izmijenjene optužnice generala Delića tereti se i za poznati slučaj "nestanka" 21 pripadnika HVO-a, koje je ABiH zarobila prilikom zauzimanja Bugojna 24. srpnja 1993.
Od 22 zarobljena pripadnika HVO-a, koji su odvedeni iz zatvora u Bugojnu prema Ravnom Rostovu, jedan je zarobljenik uspio pobjeći, jedno tijelo je pronađeno, a ostali se smatraju mrtvima, navodi se u prijedlogu izmijenjene optužnice.
Za sve zločine iz postojeće i izmijenjene optužnice Delića se tereti po zapovjednoj odgovornosti: jer je znao za njih, ali je propustio provesti istragu i kazniti počinitelje.
Prijedlog optužnice, koji je glavna tužiteljica Carla del Ponte potpisala 31. listopada, stupit će na snagu ako ga potvrdi sudsko vijeće.