Razlog kašnjenju je, između ostalog, i potraga za originalnim ostacima ove bogomolje, koju je Ferhad paša Sokolović podigao u Banjoj Luci 1579. godine, a koji su nakon vandalskoga rušenja "pohranjeni" odnosno zatrpani na banjalučkom deponiju smeća.
Ekipa stručnjaka sarajevskog Arhitektonskog fakulteta već danima pretražuje ovo odlagalište. Kako se neslužbeno doznaje, do sada je iskopano više fragmenata monumentalnog minareta (tornja) i portala džamije koju stručnjaci svrstavaju u red najljepših uzora renesanse u orijentalnoj arhitekturi.
Ovaj sakralni objekt u cjelini je svojedobno izgrađen od skupocjene tzv. jajačke "ledene sedre", što će u mnogome otežati predstojeću obnovu jer su postojeća nalazišta toga građevnog materijala uglavnom iscrpljena.
Džamija Ferhadija je 1950. godine svrstana u nacionalnu kulturnu baštinu Bosne i Hercegovine, nakon čega je stavljena pod zaštitu UNESCO-a kao spomenik svjetske kulture.
U Banjoj Luci je tijekom rata u BiH porušeno svih 16 džamija. Ferhadija i njena nešto manja kopija Arnaudija porušene su "institucionalno" i u isto vrijeme. Tu su akciju nekadašnjih vlasti Republike Srpske i Banje Luke u noći 6. na 7. svibnja 1993. godine osiguravale jake vojne i policijske snage.
Temeljni kamen za obnovu Ferhadije položen je u lipnju 2001. godine, uz snažno policijsko osiguranje i masovne prosvjede u kojima su ozlijeđeni deseci prosvjednika i policajaca. Prema posljednjim službenim informacijama, ponovnu gradnju džamije financirat će UNESCO.
Islamska zajednica BiH je 1998. godine donijela odluku o obnovi te džamije, a tu odluku je potvrdio tadašnji visoki predstavnik u BiH Wolfgang Petritsch.