Kako je prenijela Balkanska istraživačka mreža (BIRN) koja prati sve procese oko ratnih zločina a financira se sredstvima Europske komisije, Handžić je rekao da je u srpnju 1993. godine od Dautovića dobio zapovijed da istraži i napravi popis od 100 "najekstremnijih" zarobljenih pripadnika Hrvatskog vijeća obrane (HVO).
Handžić, koji je u ratu bio pomoćnik načelnika za sigurnost 307. brigade Armije BiH (ABiH), predstavio je Sudskom vijeću dnevnik koji je vodio tijekom ratnog razdoblja, a u kojem je navedeno da je njegov zadatak bio da "ispituje zarobljenike koji će se prebaciti u Zenicu ili Travnik radi procesuiranja".
Prema njegovu iskazu, na popisu "ekstremnih zarobljenika" bilo je 26 onih koji nisu prebačeni za Zenicu na procesuiranje, među kojima je skupina od 20 najviših dužnosnika Hrvata koji su pobijeni a za njihovim se tjelesnim ostacima traga.
"Čuo sam da je Dževad Mlaćo tako odlučio. Imali smo informaciju da je to iz sigurnosnih razloga i da će izmještanje zatvorenika biti kasnije dogovoreno", rekao je Handžić. Mlaćo je u srpnju 1993. godine bio predsjednik Ratnog predsjedništva općine Bugojno.
Handžić je u svibnju sklopio sporazum o priznanju krivnje kojim je prihvatio odgovornost za upućivanje zatvorenika hrvatske nacionalnosti na kopanje rovova i jer nije kaznio podređene vojnike koji su sudjelovali u zločinima. Prvobitno je bio optužen s Nisvetom Gasalom, Musajbom Kukavicom i Senadom Dautovićem za zločine počinjene 1993. i 1994. godine nad bugojanskim Hrvatima.