Prvostupanjskom presudom Kordić je u 2001. osuđen na 25 a Čerkez na 15 godina zatvora zbog zločina protiv čovječnosti, kršenja ratnog prava i običaja i teških povreda Ženevskih konvencija počinjenih protiv bošnjačkih civila u Lašvanskoj dolini 1993., koja obuhvaća općine Busovača, Vitez, Novi Travnik i Kiseljak u srednjoj Bosni.
Žalbeno vijeće potvrdilo je da je Kordić "kao visoki regionalni političar planirao i poticao zločine počinjene u Ahmićima 16. travnja 1993. i s njima povezanim zaseocima Šantići, Pirići i Nadioci" čiji je cilj bilo "etničko čišćenje tog područja", te mu povrdilo kaznenu odgovornost za ta djela po svim osnovama.
Žalbeno vijeće također je potvrdilo da se "Kordićeva uključenost u kampanju progona" odnosi i na zločine počinjene u općini Kiseljak.
Vijeće je potvrdilo presudu u dijelu koji se odnosi na Kordićevu odgovornost za protupravno zatvaranje civila u zatočeničkim centrima na području Viteza i Kiseljaka.
Žalbeno vijeće djelomice je prihvatilo neke žalbene osnove Kordićeve obrane te ukinulo presude za progon, napade na civile i civilne objekte, ubojstva, pritvaranja te razaranje i pljačku civilnih objekata za napade na Bošnjake počinjene u Novom Travniku u listopadu 1992., u Busovači u siječnju 1993., te selima Večeriski, Šantićima, Rotilju, Grahovcima, Tulici i Svinjarevu u travnju 1993.
Potvrđujući mu presudu za progon Bošnjaka kao zločin protiv čovječnosti Vijeće je utvrdilo na "osnovu dokaza o njegovim političkim aktivnostima, snažnog nacionalističkog stava i želje za uspostavom suverene hrvatske države unutar teritorija BiH po svaku cijenu" da je Kordić "posjedovao konkretnu diskriminacijsku namjeru potrebnu za kazneno djelo progona".
Vijeće je nadalje zaključilo da je "Hrvatska ostvarivala sveukupnu kontrolu nad HVO-om i da je rukovodila u planiranju, koordinaciji i organizaciji HVO-a kao i da je postojao međunarodni oružani sukob između Hrvatske i BiH", što je osnova za utvrđivanje odgovornosti za kršenje Ženevskih konvencija.
Žalbeno vijeće odbacilo je sve žalbene osnove tužitelja i potvrdilo mu kaznu od 25 godina zatvora, navodeći da će mu se u kaznu uračunati vrijeme provedeno u pritvoru od dobrovoljne predaje 6. listopada 1997. godine do sada. Dario Kordić (44) mirno je saslušao izricanje kazne, ne pokazujući nikakvu reakciju.
U odnosu na osnovu žalbe Čerkeza (45), Žalbeno vijeće prihvatilo je veći broj žalbenih navoda potvrđujući samo osuđujuće presude po osobnoj odgovornosti za progon i zatvaranje kao zločine protiv čovječnosti i protupravno zatvaranje civila kao teške povrede Ženevskih konvencija zbog 14-dnevnog zatočenja bošnjačkih civila u ožujku i travnju 1993. u kino-dvorani i zgradi SDK u Vitezu.
Vijeće je ukinulo sve njegove preostale osuđujuće presude za zločine u Večeriski, Vitezu i Starom Vitezu u travnju 1993. i sve osuđujuće presude po zapovjednoj odgovornosti iz prvostupansjke presude. Izreklo mu je novu kaznu zatvora u trajanju od šest godina, što je više od vremena koje je proveo u pritvoru do oslobađanja početkom ovog mjeseca.
Predsjedavajući sudac Wolfgang Schomburg objasnio je razloge zbog kojih je Vijeće 2. prosinca naložilo hitno oslobađanje Čerkeza, navodeći da je nakon izmjene presude to bilo dužno učiniti jer je novu kaznu već izdržao u pritvoru. To nije bilo ni privremeno ni prijevremeno već konačno oslobađanje, kazao je Schomburg, koji je prihvatio Čerkezovo pismeno objašnjenje zašto je iskoristio pravo da ne dođe na izricanje presudu.