Tijekom rata u BiH, Janković (50) bio je zamjenik zapovjednika vojne policije i jedan od glavnih paravojnih čelnika u Foči, gradu jugoistočno od Sarajeva. Haški sud ga je prvotno 1996. godine optužio za ratne zločine zajedno s još nekoliko osoba.
U izmijenjenoj optužnici iz travnja 2001. godine, Janković je optužen za osobnu i zapovjednu odgovornost po sedam točaka za zločine protiv čovječnosti i sedam točaka za kršenje ratnog prava i običaja, uključujući zlostavljanje i silovanje bosanskih muslimanki.
Janković se dobrovoljno predao Haškom sudu u ožujku ove u godine, a u travnju se izjasnio da se ne osjeća krivim po optužnici.
Glavna haška tužiteljica Carla del Ponte zatražila je, u skladu s izlaznom strategijom Haškog suda koji do 2008. godine mora završiti sva prvostupanjska suđenja, da se proces Jankoviću prepusti pravosuđu BiH.
Vijeće Haškog suda u petak je prihvatilo takav zahtjev i suđenje Gojku Jankoviću ustupilo bosanskohercegovačkom pravosuđu.