Pravila ICTY-ja omogućuju da optuženi, nakon što tužitelji izvedu svoje dokaze, podnesu zahtjev za odbacivanjem optužnice i objasne sudskom vijeću zbog čega misle da tužitelji nisu dokazali njihovu odgovornost.
Na višednevnom ročištu održanom tim povodom u travnju, Simatovićeva obrana u svom je izlaganju tvrdila da Simatović nije imao nikakve veze s jedinicama SDB-a kao i paravojnim formacijama koje su počinile zločine pa tako ni sa samim zločinima dok je obrana bivšeg šefa srbijanske službe državne sigurnosti Jovice Stanišića kazala kako neće iznositi nikakve argumente iako misli da mu odgovornost nije dokazana.
Haaško tužiteljstvo na tom je ročištu poručilo sudskom vijeću da je dokazalo svaku točku optužnice koja tereti Stanišića i Simatovića za ratne zločine u Hrvatskoj i BiH. Tužitelji su u svom izlaganju istaknuli da dokazi koje su izveli, među kojima su i ulovljeni razgovori te pisane poruke, potvrđuju da su Stanišić i Simatović sudjelovali u udruženom zločinačkom pothvatu kojemu je cilj bio uklanjanje većine nesrba iz velikih dijelova Hrvatske te BiH od 1991. do 1995. U tom pothvatu bili su uz dvojicu optuženih, bivši jugoslavenski predsjednik Slobodan Milošević te vođe bosanskih i hrvatskih Srba Ratko Mladić, Radovan Karadžić, Biljana Plavšić, Milan Martić, Goran Hadžić i Milan Babić, vođa srpskih radikala Vojislav Šešelj i zapovjednik paravojnih postrojbi Željko Ražnatović Arkan.
Tužitelji su podsjetili da su kao dokaze uveli primjerice i transkripte razgovora Stanišića s Karadžićem u kojima Stanišić govori o istrebljenju muslimana, zatim Stanišićeve razgovore s Hadžićem o razdvajanju stanovništva po nacionalnoj osnovi na okupiranim područjima Hrvatske ili njegov brzojav snagama sigurnosti tzv RSK. u kojem govori o zajedničkoj borbi svih srpskih zemalja što pokazuje, kako su tužitelji istaknuli, da je sam smatrao da sudjeluje u zajedničkom pothvatu.
Iako je tijekom suđenja tužiteljstvo odustalo od optužbi za pokolj na Ovčari, tužitelji su na tom ročištu podsjetili i da se dvojicu i dalje tereti za progon nesrpskog stanovništva ne samo s područja tzv. RSK nego i s područja čitave tzv. SAO Slavonije, Baranje i zapadnog Srijema, a što uključuje i Vukovar.
Optužnica u pet točaka tereti Stanišića i Simatovića za zločine protiv čovječnosti i povrede ratnog prava i običaja počinjene na području Hrvatske i BiH progonom, ubojstvima, deportacijama i drugim nečovječnim djelima. Zločine su, po optužnici, u Hrvatskoj i BiH počinile jedinice SDB-a, odnosno postrojbe i paravojne formacije koje je stvorila SDB ili je pomogla njihovu stvaranju. Među tim jedinicama su i "Crvene beretke", "Škorpioni", Arkanovi "Tigrovi", "Knindže", pripadnici Martićeve policije, kao i milicija tzv. SAO Slavonije, Baranje i zapadnog Srijema.
Dvojica optuženih su, kako se navodi u optužnici, pomogla da se otvori centar za obuku tih jedinica u Golubiću kod Knina, a kasnije i drugi centri za obuku po Hrvatskoj i BiH. Prema optužnici oni su "rukovodili finaciranjem, obukom, logističkom podrškom i drugim vrstama velike pomoći i podrške specijalnim jedinicama državne sigurnosti Republike Srbije i drugim srpskim snagama koje su sudjelovale u zločinima u Hrvatskoj i BiH". Među zločinima koji su počinjeni na području Hrvatske nad civilima i zarobljenicima optužnica navodi niz ubojstava počinjenih tijekom 1991. na području Dubice, Cerovljana, Baćina, Saborskog, Škabrnje, Bruške, Dalja i Erduta te od 1992. do 1995. godine u Bijeljini, Zvorniku, Bosanskom Šamcu, Doboju i Sanskom Mostu. Naknadnim proširenjem optužnice u ožujku 2006. njih se dvojicu dodatno tereti za likvidaciju šestorice Bošnjaka iz Srebrenice koje su 1995. počinili "Škorpioni" koji su svoje zlodjelo zabilježila video-kamerom.