Gotovina (55) bio je u vrijeme Oluje zapovjednik Zbornog područja Split, Čermak (61) zapovjednik Zbornog mjesta Knin a Markač (55) pomoćnik ministra unutarnjih poslova i zapovjednik Specijalne policije. Tužiteljstvo tvrdi da su trojica generala imala stvarnu kontrolu nad vojnim postrojbama odnosno policijskim jednicama pod njihovim zapovjedništvom.
Tužiteljstvo smatra da su trojica generala najkasnije od srpnja do 30. rujna 1995. zajedno s drugim osobama sudjelovala u udruženom zločinačkom pothvatu sa zajedničkom namjerom nasilnog trajnog uklanjanja srpskog stanovništva s okupiranih područja Hrvatske tzv. RSK. Osim toga tužiteljstvo alternativno smatra i da su mogli predvidjeti da su kaznena djela ubojstva, nehumanih djela i okrutnog postupanja moguća posljedica počinjenja pothvata. U udruženi zločinački pothvat tužitelji su uvrstili prvog hrvatskog predsjednika Franju Tuđmana, ministra obrane Gojka Šuška, načelnika Glavnog stožera HV-a Janka Bobetka, te Zvonimira Červenka koji je zamijenio 17. srpnja 1995. godine Bobetka na funkciji načelnika Glavnog stožera. Tužiteljstvo smatra da su trojica generala propustila spriječiti zločine i kazniti počinitelje.
Tužiteljstvo tvrdi da je "orkestrirana kampanja" protjerivanja Srba pokrenuta prije početka glavne vojne operacije 4. kolovoza 1995., uglavnom putem propagande, dezinformacija i psihološkog rata. Širene su vijesti da će hrvatske snage svakog trena krenuti u napad a usporedno s tim, na radiju, televiziji i ostalim sredstvima informiranja govorilo se o tome da Srbi "mogu slobodno otići" i da veliki konvoji Srba napuštaju to područje. U isto vrijeme srpskim civilima su pokazivane karte na kojima je bio označen "isključivo hrvatski" teritorij i davano im je do znanja koji su "izlazni pravci" s tog područja. Kako je operacija napredovala, hrvatske su snage počele granatirati civilna područja, tvrde tužitelji, kao i ulaziti noću u naselja u kojima su živjeli srpski civili, prijeteći onima koji još nisu bili pobjegli.
Tužitelji u optužnici navode i da su radi onemogućavanja povratka odbjeglih Srba hrvatske snage gotovo od samog početka Oluje započele sa sustavnom pljačkom, razaranjem i paljenjem srpske imovine.
Tužitelji tvrde da je "bezobzirno razaranje gradova i sela" u kojima su živjeli Srbi počelo dan ili dva nakon početka operacije "Oluja".
"Mnogi srpski civili koji nisu pobjegli već su odlučili ostati na tom području, između ostalog, nenaoružani muškarci koji nisu imali vojni status, te starci, žene i invalidi, protupravno su ubijeni u operaciji Oluja i ostalim operacijama", navodi se u optužnici koja tereti trojicu hrvtskih generala po zapovjednoj odgovornosti za zločine među kojima je u pokolj u selu Grubori.
Tužitelji navode i da je provođena populacijska politika prema kojoj je veliki dio tzv. RSK trebalo naseliti Hrvatima, pa su se u napuštene srpske kuće uselili pripadnici hrvatskih snaga i drugi Hrvati te da je, iako je službeno postojalo pravo na povratak na to područje ili povrat imovine, uništavanje srpske imovine i njihovih dokumenata činilo to u praksi neostvarivim.