Sud je najavio da će sudnica I biti rezervirana gotovo tri sata za izricanje presude. U sudskom vijeću koje je vodilo suđenje i koje će izreći presudu su nizozemski sudac Alphons Orie, Latvijac Uldis Kinis i Elisabeth Gwaunza iz Zimbabvea.
Tužitelji su u završnim riječima u kolovozu prošle godine tražili da se trojicu generala proglasi krivima i generala Gotovinu osudi na 27, generala Markača na 23 i generala Čermaka na 17 godina, a branitelji su u završnim riječima pozvali sudsko vijeće da njihove branjenike oslobodi svake krivnje.
Ukoliko sudsko vijeće donese oslobađajuću presudu ili osuđujuću presudu s vremenskom kaznom koja približno odgovara vremenu provedenom u pritvoru dosadašnja je praksa Haaškoga suda da se osobe puštaju na slobodu bez obzira na mogući žalbeni dio postupka. Nakon presude strane u postupku - tužitelji i obrana, ukoliko se namjeravaju žaliti najprije moraju najaviti žalbu u roku od 30 dana od izricanja presude sa žalbenim osnovama a nakon toga žalbeno vijeće preuzima i dalje vodi žalbeni postupak u kojem se žalbeni podnesak mora podnijeti 75 dana od najave žalbe. U žalbenom dijelu postupka mogu se uvoditi i novi dokazi koji nisu bili dostupni u prvostupanjskom dijelu postupka.
Suđenje je počelo 11. ožujka 2008. a posljednji svjedok izveden je 11. lipnja prošle godine. Na suđenje su potrošena ukupno 303 radna dana u kojima je tužiteljstvo izvelo 81 svjedoka, a obrane trojice generala ukupno 57 svjedoka (25 za Gotovinu, 19 za Čermaka i 13 za Markača). Sudsko je vijeće pozvalo sedam svojih svjedoka. Gotovina je u pritvoru od prosinca 2005. kada je uhićen na teritoriju Španjolske, a Čermak i Markač dobrovoljno su se predali Haškom sudu u ožujku 2004.
Kroz hašku sudnicu prošao je niz svjedoka od žrtava, preko političara do pripadnika hrvatskih snaga i međunarodnih predstavnika. Tako su se za tužitelje izredali i svjedoci poput bivšeg američkog veleposlanika u Hrvaskoj Petera Galbraitha, posebne izvjestiteljice za ljudska prava Elisabeth Rehn do tadašnjeg županijskog državnog odvjetnika u Zadru Željka Žganjera te Mate Laušića i Žarka Puhovskog.
Za obranu je svjedočio niz hrvatskih političara i dužnosnika među kojima su i Mate Granić, Miomir Žužul, Vesna-Škare Ožbolt, Zdravko Židovec, Snježana Bagić, Gordan Radin, Borislav Škegro, Mladen Vedriš, Nadan Vidošević i Mladen Bajić, a obrana je izvela i izaslanika glavnog tajnika UN-a za područje bivše Jugoslavije Yasushija Akashija. Gotovinina obrana izvela je i jednog od zapovjednika neprijateljske strane generala Milu Mrkšića koji je potvrdio da nije bilo neselektivnih napada, a sudsko je vijeće pozvalo nekoliko svojih svjedoka među kojima i bivšeg ministra obnove i razvitka Juru Radića.
Prvi dio suđenja bio je obilježen sukobima obrana koji su završili isključenjem Čermakovih branitelja Čede Prodanovića i Jadranke Sloković, te Markačeva branitelja Miroslava Šeparovića zbog sukoba interesa, odnosno mogućnosti da se sam Šeparović te general Rahim Ademi kojega su također zastupali Prodanović i Sloković pojave kao svjedoci u ovom predmetu.
Suđenje je pratio i paralelni spor Hrvatske i haaškog tužiteljstva oko tzv. topničkih dnevnika koji je okončan pred kraj suđenja zaključkom troje sudaca da je Hrvatska ispunila svoje obveze prema tužiteljstvu. Tijekom suđenja 2007, pred haške istražitelje izvedeno je deset hrvatskih novinara vodećih domaćih medija u svojstvu osumnjičenika za nepoštivanje Haaškog suda jer su objavili tada tajni dodatak optužnice. Tužitelji su kasnije odustali od njihova progona.
Sudsko je vijeće kao posljednju odluku pred izricanje presude u srijedu odbilo zahtjev Gotovinine obrane da ostavi isti broj sjedala u sudnici za potrebe obrane, kao i tijekom suđenja i broj je smanjen s 18 na 12 sjedala.