Gates, direktor CIA-e početkom 90-ih, naslijeđuje Donalda Rumsfelda, glavnog arhitekta rata u Iraku koji je podnio ostavku prošloga mjeseca nakon oštrih kritika njegove politike i poraza vladajućih republikanaca na kongresnim izborima.
Gates, preuzima vođenje Pentagona u vrijeme kad Bushova administracija obavlja najširu reviziju strategije u Iraku i usuglašava novi pristup koji bi trebao osigurati uspjeh operacije u kojoj je sada angažirno 140.000 vojnika. U 42 mjeseca rata poginulo je gotovo 3.000 američkih vojnika, a oko 22.000 su ranjene.
Predsjednik Bush prošloga je tjedna objavio kako se objava nove strategije za Irak odgađa za početak siječnja, kako bi se i novom ministru obrane omogućilo da sudjeluje u njezinom konačnom definiranju.
Na saslušanju pred senatskim Odborom za oružane snage, početkom prosinca, Gates je rekao kako SAD ne pobjeđuju u ratu u Iraku, što je bilo u suprotnosti s retorikom njegovog prethodnika Rumsfelda.
Gates je od 1991. do 1993. bio direktor CIA-e, u vrijeme administracije Georgea H. W. Busha, oca današnjeg predsjednika i u vrijeme prvog rata u Iraku, operacije "Pustinjska oluja". U CIA-i je radio 20 godina kao stručnjak za bivši SSSR.
Prije imenovanja za ministra obrane 8. studenoga bio je rektor Sveučilišta A&M u Teksasu i jedan od 10 članova dvostranačke Studijske skupine za Irak koja je u svom izvješću preporučila povlačenje većine američkih borbenih postrojbi iz Iraka, ukupno 15 brigada s oko 70.000 vojnika, do prvih mjeseci 2008. Preostale američki vojnici bili bi angažirani kao savjetnici iračke vojske i policije, koje bi trebale preuzeti odgovornost za sigurnost zemlje.