Jakopec je optužen da je u svojim poduzećima "Naprijed Jakopec" i Mesnoj industriji "Jakopec" počinio šest kažnjivih djela zloporabe ovlasti u gospodarskom poslovanju i kažnjiva djela protiv sigurnosti platnog prometa i poslovanja. Optužnicom su obuhvaćeni i bivši odgovorni u Jakopčevim poduzećima: sin mu Davorin Jakopec, Robert Bobinec i Stjepan Cindori.
Jakopec se tereti da je 1998. i 1999. kao osnivač i direktor Mesne industrije "Naprijed Jakopec" plaće svojim radnicima isplaćivao u gotovini kako bi stekao nepripadnu materijalnu dobit za svoje poduzeće. Tako je dvije godine mimo računa poduzeća ukupno isplatio 4,884.526,37 kuna, na što nije platio poreze i doprinose, oštetivši državu za 6,738.116,34 kune.
Jakopec se tereti i za dva milijuna dolara koje je, iako je znao da ih ne može vratiti, poduzeće "Naprijed Jakopec" uzelo u austrijskoj Arab banci, a kao jamstvo za zajam u Privrednoj banci Zagreb založene su nekretnine toga poduzeća i Mesne industrije "Jakopec".
Zajam Jakopec nije vratio, pa je Arab banka aktivirala jamstvo i PBZ joj je morala isplatiti Jakopčev dug. Tako je Jakopčevo poduzeće nezakonito steklo korist od 9,207.436,43 kune. Zbog inkriminiranih zlouporaba Jakopec je potkraj 2000. i u početku 2001. šest mjeseci proveo u pritvoru, iz kojega je pušten, jer u tom roku nije dogotovljeno financijsko - knjigovodstveno vještačenje. Premda je državno odvjetništvo 15. svibnja 2001., neposredno prije nego je pušten iz pritvora, podignulo optužnicu, zagorski je tajkun ipak pušten iz pritvora jer je prigovorio optužnici, što je prihvatio Županijski sud u Zlataru.
Predmet je vraćen odvjetništvu na dopunu istrage, koja je zahtijevala financijsko - knjigovodstveno vještačenje, koje je završilo tek nedavno, nakon gotovo četiri godine.