Na prvom pojavljivanju pred sudom, zakazanom za idući ponedjeljak, Beqaj se treba izjasniti o krivnji prema optužbama za "nepoštivanje suda, nepoštivanje suda u pokušaju i poticanje na nepoštivanje suda".
Glavna tužiteljica Carla Del Ponte optužnicu protiv 52-godišnjeg Beqaja podigla je 21. listopada, a sudac Carmel Agius potvrdio ju je 29. listopada.
Zapečaćena je ostala dok UNMIK nije uhitio optuženog i dok nije prebačen u Haag, navodi se u priopćenju ICTY-a.
Optužnica ga tereti za prijetnje, zastrašivanje i nuđenje mita potencijalnim svjedocima optužbe u predmetu "Limaj i drugi", gdje je među trojicom optuženih i njegov rođak Isak Musliu.
Suđenje za ratne zločine nad zatočenicima logora OVK-a Lapušnik, koji su vodili Fatmir Limaj, Isak Musliu i Haradin Bala, prvi proces kosovskim Albancima pred ICTY-em, treba početi 15. studenoga.
"Od 17. veljače 2003. do 19. listopada 2004. Beqaj je, sam ili u dogovoru s drugima, prijetio svjedocima, zastrašivao ih, nudio im mito i na druge načine utjecao na svjedoke ili potencijalne svjedoke..." u predmetu Limaj i drugi, stoji u optužnici.
U optužnici se opisuje postupanje optuženog prema svjedocima Rexhi Raxhaju i Rizahu Rexahju, koji su dali iskaze protiv Musliua.
Navodi se kako je, postupajući po izravnim uputama Musliua i Limaja iz pritvora, u više navrata izravno ili preko posrednika zahtijevao od te dvojice svjedoka da povuku iskaze, prijeteći im ali i nudeći zemljišne parcele za nagradu.
Del Ponte se u izvješću Europskoj uniji 11. listopada i NATO-u 3. studenoga požalila da se Tužiteljstvo na Kosovu susreće s organiziranom i sustavnom kampanjom zastrašivanja svjedoka.