Arafata se optužuje da je osobno nadzirao financije Palestinske samouprave, te da je dio novca namijenjen Palestincima koristio za svoje potrebe.
Kada je u lipnju 2002., na inzistiranje međunarodne zajednice i posebice američkog predsjednika Georgea W. Busha, Salam Fajed, bivši dužnosnik Međunarodnog monetarnog fonda, imenovan ministrom financija Palestinske samouprave, njegova je misija bila jasna: okončati vrlo neortodoksnu financijsku praksu Jasera Arafata i njegovih pristaša.
Prema izvješću Međunarodnog monetarnog fonda objavljenog u rujnu 2003. godine, koje su potvrdile i Fajedove istrage, palestinski je predsjednik pronevjerio više stotina milijuna dolara namijenjenih Palestinskoj samoupravi.
Ta pronevjera novca navodno je počela 1994. godine a pojačala se 1996. kada je Jaser Arafat, izabran za predsjednika Palestinske samouprave i kada je on preuzeo financije. Sve do Fajedova dolaska, Arafat je svojevoljno raspoređivao svaki dolar koji je ulazio ili izlazio iz fondova Palestinske samouprave. Jedini čovjek koji je znao svu tajnost tih transakcija je Mohamed Rašid, bivši novinar iračkih Kurda, kojeg je Arafat početkom osamdesetih godina prošlog stoljeća imenovao svojim osobnim financijskim saveznikom.
Prema pisanju francuskog lista Le Monde, Arafat i Rašid su pronevjerili dio novca od poreza koje su Izraelci davali na račun Palestinske samouprave. Prema MMF-u, između 1996. i 1999. ti su iznosi uplaćivani na račun izraelske banke Leumi u Tel Avivu. Ali to je, ističe francuski list, samo dio cijele priče oko financija Palestinske samouprave.
MMF je uspio otkriti da oko 900 milijuna dolara iz javnih fondova, između 1995. i 2002. godine, nikad nije ušlo u službeni proračun palestinske samouprave, ali MMF nije uspio otkriti gdje je nestalo dodatnih 300 milijuna dolara.
Svi svjetski mediji posljednjih dana pišu o Arafatovoj imovini. Podaci su različiti ali gotovo svi se slažu u jednome - Arafat posjeduje veliku imovinu.
Prema Al Jazeeri, Arafat posjeduje nekoliko hotela u Španjolskoj, Italiji, Francuskoj, Švicarskoj i Austriji. On je također i glavni dioničar u dvije tvrtke mobilne telefonije koje djeluju u Tunisu i Alžiru.
Koliko iznosi Arafatova imovina? Na to je pitanje teško odgovoriti. Zna se da palestinski predsjednik nikad nije vodio život na velikoj nozi. Ali Jaseru Arafatu, smatraju analitičari, novac je oduvijek trebao kako bi učvrstio vlast, privukao ljude, i umirio određene palestinske skupine.
Od njegove velikodušnosti vjerojatno je veliku korist imala i njegova supruga Suha.
Prošle je godine Banque de France i francuski odjel za borbu protiv pranja novca otkrio da je Suha na svoje račune u pariškim bankama između srpnja 2002. i srpnja 2003. godine primila više uplata iz Švicarske koje su ukupno iznosile 9 milijuna eura. Francuska je zbog tih uplata pokrenula istragu.
Prema CNS-u, Suha Arafat živi vrlo ekstravagantnim načinom života u pariškom hotelu Bristol gdje ima iznajmljen cijeli kat, a mjesečno od Palestinske samouprave dobiva 100.000 dolara.
Američki časopis Forbes, koji svake godine donosi popis najbogatijih ljudi na svijetu, u svom je prošlogodišnjem popisu Jasera Arafata stavio na šesto mjesto u kategoriji "kraljeva i vladara". Predsjednik Palestinske samouprave tako se našao samo dva mjesta ispod britanske kraljice Elizabete.
Prema Forbesu, Jaser Arafat ima imovinu vrijednu najmanje 300 milijuna dolara.