Riječ je o dokumentima iz arhiva HIS-a i SIS-a, Ureda predsjednika RH i Armije BiH, koje su obrani u prvostupanjskom dijelu postupka zatajili vlast bivšeg hrvatskog predsjednika Franje Tuđmana odnosno haško tužiteljstvo.
Žalbeno vijeće Haškog suda, u presudi objavljenoj u četvrtak i ispisanoj na 297 stranica, utvrdilo je da Blaškić nije odgovoran za zločin u Ahmićima, u kojem je 16. travnja 1993. pobijeno stotinu muslimanskih civila, na temelju novih dokaza među kojima je i izvješće ravnatelja HIS-a Miroslava Tuđmana upućeno 1994. njegovu ocu tadašnjem predsjedniku Franji Tuđmanu. U tom izvješću kao počinitelji identificiraju se snage pod zapovjedništvom Paška Ljubičića i Vlade Ćosića, te skupina kriminalaca puštena iz zatvora u Kaoniku.
Zaključak da Blaškić nije naredio zločin po Žalbenom je vijeću potkrijepljen analizom MUP-a RH-a po kojoj su dan uoči pokolja u Ahmićima održana dva sastanka - prvi na kojem je s Blaškićem dogovoren napad i drugi u kući Darija Kordića na kojem je, bez prisutnosti Blaškića, naknadno dogovoreno da se izvrši masakr za čiju je organizaciju zadužen tadašnji prvi čovjek SIS-a Srednje Bosne Ante Slišković, a za provedbu zapovjednik 4. bojne vojne policije HVO-a Paško Ljubičić. I po tom izvješću napad na Ahmiće izveli su pripadnici 4. bojne vojne policije pod zapovjedništvom Ljubičića, te specijalna jedinica Jokeri. Po tom izvješću Blaškić je zapovijedio osiguranje komunikacije Vitez-Busovača. Napad na Ahmiće koordinirao je Ljubičić, a izvješće navodi da je Blaškić također bio prisutan u području tijekom napada.
Novi dokaz koji je činjenično izmijenio presudu je i izvješće SIS-a Herceg-Bosne od 26. studenoga 1993., za koje je prvostupanjsko vijeće napisalo da bi predstavljalo ključni dokaz da ga je obrana podnijela. Taj dokaz uveden u žalbenom dijelu postupka navodi da su napad izvele snage pod zapovjedništvom Ćosića i Ljubičića i kriminalci pušteni iz zatvora u Kaoniku. Novi dokaz je i ručno pisano izvješće Ureda za obranu HZ Herceg-Bosne iz lipnja 1993. nastalo nakon razgovora s ranjenicima smještenim u Splitu, po kojem su zločin počinile Ljubičićeve snage i Jokeri, a džamiju u Ahmićima je minirao Zoran Krišto.
Više novih dokaza opisuje i kriminalne privatne postrojbe koje je kontrolirao glavni SIS-ovac Srednje Bosne Ante Slišković, a dio dokaza oslikava postojanje paralelnih linija zapovijedanja posebnim jedinicama koje su vodile do Gruda i Mostara odnosno do tadašnjih prvih ljudi Herceg-Bosne Darija Kordića i Ignaca Koštromana, i zaobilazile Blaškića.
Na temelju tih dokaza Žalbeno vijeće Haškog suda je zaključilo da Blaškić nije naredio zločin u Ahmićima niti znao za njega, a kad je saznao da je učinio sve što je mogao u razumnim granicama da pronađe i kazni počinitelje. Blaškić, zaključilo je Žalbeno vijeće, nije kontrolirao snage koje su izvršile zločin. Zapovijedi koje je Blaškić izdavao, po Žalbenom vijeću, bile su legitimne vojne zapovijedi opravdane stanjem na terenu.
Za tri dokaza, za koje su suci utvrdili da je haško tužiteljstvo utajilo obrani, Žalbeno vijeće ocijenilo je da nisu nanijeli obrani štetu jer je ona ispravljena izvođenjem svjedoka u žalbenom dijelu postupka. Radi se o izjavi britanskog časnika Philipa Watkinsa koji je još 1996. tvrdio haškim tužiteljima da je Kordić kontrolirao Jokere, a da Blaškićeve zapovijedi nije poštivala vojna policija HVO-a, svjedočenju pukovnika Floyda Cartera koji je na suđenju Kordiću također potvrdio da vojna policija HVO-a nije poštivala Blaškića, te svjedočenju generala Armije BiH Džeme Merdana da je Kordić izravno zapovijedao Jokerima.
Uz to tužiteljstvo nije obrani dostavilo ni izviješće Armije BiH o stanju sigurnosti po kojem su te snage bile dan uoči pokolja u Ahmiću u visokom stupnju pripravnosti, što je demantiralo zaključak prvostupanjskog vijeća da Blaškić nije imao nikakvih razloga izdavati zapovijedi za obranu od napada, te da se zapravo radilo o zapovijedima za napad, koje su među ostalim rezultirale pokoljem u Ahmićima. Postojanje opasnosti od napada Armije BiH i legitimnost Blaškićevih zapovijedi izdanih 15. travnja 1993. potvrdio je na žalbenoj raspravi i svjedok zaštićena identiteta.
Novootkrivene zapovijedi Armije BiH iz arhiva BiH, pokazuju da je, suprotno zaključku prvostupanjske presude o Ahmićima kao isključivo civilnom cilju, u Lašvanskoj dolini bilo snaga Armije BiH koje su tim zapovijedima razmještane po terenu 16. travnja 1993., te su upućene i u "sektor sela Ahmići kako bi pomogle u obrani našim snagama", kao i radi eventualnog napada "na potezu Ahmići-Dubravica-Šantići".