Prvostupanjsko vijeće Blaškića je 3. ožujka 2000. proglasilo krivim i osudilo na 45 godina zatvora za ratne zločine počinjene u Lašvanskoj dolini od polovice 1992. do 1994., od kojih je najteži pokolj muslimana u selu Ahmići u travnju 1993. godine.
U žalbenom postupku obrana je, uvodeći nove dokaze pronađene nakon prvostupanjske presude, pozvala na oslobađanje njihova branjenika ili ponavljanje suđenja jer je smatrala da je prvostupanjski postupak uskraćivanjem ključnih dokaza i proceduralnim propustima bio do te mjere kompromitiran da je doveo u pitanje pravičnost suđenja te same presude.
Novi dokazi obrane, koje je Žalbeno vijeće prihvatilo, potjecali su iz tri izvora - arhiva HVO-a koji su ležali nedostupni obrani u HIS-u do smjene vlasti u Hrvatskoj 2000. godine, zatim iz Ureda predsjednika RH, te iz haškog tužiteljstva koje ih je pronašlo u arhivu Armije BiH.
U prosincu prošle godine na žalbenoj raspravi Blaškićev branitelj Rusell Hayman je, suprotstavljajući nove dokaze i iskaze novih šest svjedoka obrane, zaključcima presude donesene u ožujku 2000. godine argumentirao zašto je prvostupanjsko vijeće došlo do pogrešnih zaključaka na temelju kojih je Blaškiću izrečena jedinstvena kazna zatvora od 45 godina.
Bivši zapovjednik Operativne zone Središnje Bosne izrazio je na kraju žalbene rasprave žaljenje zbog svih žrtava rata u srednjoj Bosni, te poručio sucima kako mu je savjest potpuno mirna, jer svim srcem vjeruje da je učinio sve da spriječi zločine, a da se o počinjenima provede istraga.
Blaškić je u pritvoru od 1. travnja 1996. godine bez pravomoćne presude.