U žalbenom postupku obrana je, uvodeći nove dokaze pronađene nakon prvostupanjske presude, pozvala na oslobađanje njihova branjenika ili ponavljanje suđenja, jer je smatrala da je prvostupanjski postupak uskraćivanjem ključnih dokaza i proceduralnim propustima bio do te mjere kompromitiran da je doveo u pitanje pravičnost suđenja te same presude.
Prvostupanjsko vijeće proglasilo je 3. ožujka 2000. generala Blaškića krivim i osudilo ga na 45 godina zatvora za ratne zločine počinjene u Lašvanskoj dolini od polovice 1992. do 1994., od kojih je najteži pokolj više od stotinu muslimana u selu Ahmići u travnju 1993. godine.
Novi dokazi obrane, koje je Žalbeno vijeće prihvatilo, potjecali su iz tri izvora - arhiva HVO-a koji su ležali nedostupni obrani u HIS-u do smjene vlasti u Hrvatskoj 2000. godine, zatim iz Ureda predsjednika RH, te iz haškog tužiteljstva koje ih je pronašlo u arhivu Armije BiH.
U prosincu prošle godine na žalbenoj raspravi Blaškićev branitelj Rusell Hayman je, suprotstavljajući nove dokaze i iskaze novih šest svjedoka obrane zaključcima presude donesene u ožujku 2000. godine argumentirao zašto je prvostupanjsko vijeće došlo do pogrešnih zaključaka na temelju kojih je Blaškiću izrečena jedinstvena kazna zatvora od 45 godina.
Bivši zapovjednik Operativne zone Središnje Bosne izrazio je na kraju žalbene rasprave žaljenje zbog svih žrtava rata u Srednjoj Bosni, te poručio sucima kako mu je savjest potpuno mirna, jer svim srcem vjeruje da je učinio sve da spriječi zločine, a da se o počinjenima provede istraga.
Presudu će Blaškić dočekati s pritvorskim stažom od osam godina i četiri mjeseca, što je tek u hrvatskoj javnosti povremeno poticalo rasprave o pravednosti presude nakon tako dugotrajnog suđenja, koje se protegnulo na više od sedam godina.
Blaškić je u pritvoru od 1. travnja 1996. godine kada se dobrovoljno predao, odmah nakon što mu se rodio drugi sin. Zahvaljujući pravilima haškog pritvora, koja dozvoljavaju privatne posjete supruga, Blaškićeva se obitelj uvećala za još jednog člana. Dugotrajni pritvor ostavio je traga na Blaškićevu zdravlju i posljednjih godinu dana bio je često na liječenju.
Suđenje će novinari, koji su proveli mjesece sjedeći svakodnevno na sudskoj galeriji pamtiti ponajviše po potresnim svjedočenjima ahmićkih žrtava, kompleksnosti odnosa tri naroda u BiH koji su dugo u suđenje i dalje zbunjivali suce, Blaškićevom pedantnom svakodnevnom vođenju bilješki i još minucioznijem svjedočenju u kojem je danima opisivao kako su mu sat po sat tekli dani u Lašvanskoj dolini.
Prva haška sudnica bila je mnogo puta i poprište oštrih prigovora i verbalnih okršaja tužitelja i obrane, a posebno Blaškićeva američkog odvjetnika Russella Haymana i njegova protivnika iz drugog kraja sudnice američkog tužitelja Gregorija Kehoea.