Martić je optužen za progon, istrebljenje, ubojstva i deportacije hrvatskih civila na okupiranom području 1991.-95., za zločine protiv nesrba u BiH 1994. i za raketiranje Zagreba u svibnju 1995.
Bio je osnivač i zapovjednik srpske policije u tzv. SAO Krajini, koji je od 1991. do 1995. zajedno s čelnicima Srbije i Crne Gore, SFRJ/SRJ i JNA, bio jedan od ključnih sudionika ''udruženog zločinačkog pothvata'' s ciljem prisilnog uklanjanja hrvatskih civila i drugih nesrba s okupiranih područja Hrvatske, kazao je Whiting.
Njihov plan ostvaren je protjerivanjem tisuća nesrpskih civila iz njihovih domova, njihovim zatočenjem u nehumanim uvjetima, pokoljima i nizom drugih oblika progona.
''Rezultat kampanje etničkog čišćenja bio je da je do 1995. sve nesrpsko stanovništvo na okupiranim područjima Hrvatske protjerano ili ubijeno'', kazao je tužitelj.
Martić je cijelo vrijeme uživao ''kritičnu pomoć i podršku vodećih ljudi MUP-a Srbije Jovice Stanišića i Franka Simatovića, a preko njih i predsjednika Srbije i SRJ Slobodana Miloševića'', dodao je Whiting.
Martić (60) se po osobnoj i zapovjednoj odgovornosti tereti u 19 točaka za zločine protiv čovječnosti i kršenja ratnog prava i običaja, zbog progona na političkoj, rasnoj i vjerskoj osnovi, istrebljenja, ubojstva, zatvaranja, mučenja, nehumanih postupaka, okrutnog postupanja, deportacija, prisilnog preseljenja, pljačke javne i privatne imovine, razaranja naselja i napada na civile.
Tužitelj je u sudnici emitirao i TV snimak iz 1992. na kojoj Martić na političkom skupu govori kako je ''ponosan da je on čovjek Slobodana Miloševića, koji je veliki državnik i jedan od najboljih političara na svijetu'', s kojim se zajedno bori za jedinstvenu srpsku državu.
Opisujući genezu srpske pobune u Hrvatskoj, tužitelj je istaknuo visoki stupanj organiziranosti i koordinacije koji ju je karakterizirao, od 1990. kada je pokrenuta kampanja širenja straha među Srbima, preko tajnog naoružavanja Srba, proglašavanja velikih dijelova Hrvatske ''srpskim autonomnim regijama'', preuzimanja vlasti u općinama sa srpskom većinom, provociranja sukoba s hrvatskom policijom i uključivanja JNA u sukob, sve do okupacije trećine teritorija Hrvatske.
Na okupiranim teritorijima provedeno je sustavno čišćenje Hrvata i drugih nesrba iz njihovih domova, pljačka i uništavanja njihove imovine, ubojstva civila, zatočenje i deportacije, te sustavno razaranje katoličkih crkava.
Tužitelj je u sudnici prikazao snimke posljedica raketiranja Zagreba 2. i 3. svibnja 1995. u kojem je poginulo sedam građana, a više od 300 ih je ranjeno, te naveo kako je Martić prijetio da će to zapovijediti 1994. na pregovorima o planu Z-4 sa američkim veleposlanikom Peterom Galbraithom.
Naveo je kako je optužba u dokaznom postupku iznijeti tipične primjere napada na hrvatska naselja uz zajedničko sudjelovanje JNA, Teritorijalne obrane i Martićeve policije, od prvog takvog napada na Kijevo u kolovozu 1991. Opisao je i napade na Škabrnju i Nadin, Saborsko, Dubovicu, Cerovljane i Baćin i druge slične napade u kojima je ubijeno više stotina civila, ostali su protjerani, a sve hrvatske kuće i crkve su spaljene.
Optužba je najavila izvođenje 63 svjedoka i velikog broja dokaza, dokumenata transkripata, audio i video zapisa, uključujući transktipte Martićevih razgovora s Miloševićem, Radovanom Karadžićem i drugima.
Prvi svjedok na početku dokaznog postupka optužbe 16. siječnja 2006. bit će, kako je najavio Whiting, ''visoka politička ličnost koja ima saznanja o zbivanjima u tzv. RSK''.
''Optužba će van razumne sumnje dokazati da je Martić kriv za zločine za koje je optužen, jer su on i drugi imali cilj očistiti dijelove Hrvatske od nesrba i poduzimao akcije za postizanje tog cilja'', naglasio je tužitelj Whiting.
Suđenje se odvija pred raspravnim vijećem kojim predsjeda južnoafrički sudac Bakone Justice Moloto.
Martić je u pritvoru ICTY-a od dobrovoljne predaje u 15. svibnja 2002. Prva optužnica protiv njega potvrđena je i objavljena 25. srpnja 1995. a optužnica mu je proširena 18. prosinca 2002.
Tužitelj je u uvodnoj riječi istaknuo Martićevu borbu za vlast u Kninu s političkim čelnikom Srba Milanom Babićem, koji je u Haagu priznao zločine nad Hrvatima i osuđen je na 13 godina zatvora. Babić je 2002. godine svjedočio protiv Miloševića, a prošle godine protiv Momčila Krajišnika, srpskog čelnika iz BiH.