Padilla je, zajedno s još četvoricom, optužen da je vodio terorističku potpornu ćeliju koja je djelovala u Sjedinjenim Državama i Kanadi i kovala zavjeru za ubijanje Amerikanaca u inozemstvu te materijalno podupirala teroriste u inozemstvu, priopćilo je američko Ministarstvo pravosuđa.
U optužnici nema spomena ranijih navoda da je Padilla zajedno s al Qaidom planirao eksploziju radioaktivne "prljave bombe" i dizanje u zrak stambene zgrade u SAD-u, za što su ga visoki američki dužnosnici okrivili nakon što je uhićen u svibnju 2002. u Chicagu.
Padilla (35), bivši pripadnik bande u Chicagu, a potom obraćenik na islam, označen je kao "neprijateljski borac" čime je izgubio svoja ustavna prava.
Organizacije za ljudska prava i niz pravnika u Sjedinjenim Državama smatraju da američka vlada nema prava držati ga neograničeno kao "neprijateljskog borca" bez optužnice.
Padilla je čekao odluku američkog Vrhovnog suda na žalbu protiv pritvora bez suđenja, no umjesto toga dočekao je optužnicu.
Padillini odvjetnici optužili su Bushovu admninistraciju da nastoji izbjeći obračun pred Vrhovnim sudom oko toga koliko se američki državljanin može držati u pritvoru bez optužnice.
Suđenje Padilli je zakazano za rujan 2006., a ako bude proglašen krivim mogao bi dobiti doživotni zatvor.