Australski sudac Kevin Parker, koji će predsjedavati raspravnim vijećem na suđenju, odredio je da suđenje počne uvodnim riječima optužbe i obrane 11. i 12. listopada, te da nakon dvotjedne stanke 25. listopada započne dokazni postupak optužbe izvođenjem prvih svjedoka. Time je samo djelomice uvažio zahtjev obrane, koja je tražila da se suđenje, prvotno zakazano za 3. listopada, odgodi za četiri do šest tjedana zbog većeg broja novih svjedoka i dokaza koje su tužitelji uveli posljednjih mjeseci.
Tužitelji su najavili izvođenje oko 70 svjedoka, a očekuje se da će njihov dokazni postupak trajati oko 25 radnih tjedana, odnosno pet ili više mjeseci, dok će za cijelu glavnu raspravu i završne riječi trebati do godinu dana.
U objedinjenoj i izmijenjenoj optužnici od 15. studenoga 2004., Mrkšića, Šljivančanina i Radića tereti se po osobnoj i zapovjednoj odgovornosti u pet točaka za progon na političkoj, rasnoj ili vjerskoj osnovi, istrebljenje, ubojstva, mučenja i nehumane akte kao zločine protiv čovječnosti, te u tri točke za ubojstva, mučenja i okrutno postupanje kao kršenje ratnog prava i običaja.
Navodi se da su zločine "planirali, poticali, naredili, počinili ili njihovo planiranje, pripremu i izvršenje pomogli i podržali na druge načine". Za počinjenje se terete kao sudionici "udruženog zločinačkog pothvata" s ciljem progona Hrvata i drugih nesrba koji su se, nakon pada Vukovara nalazili u vukovarskoj bolnici.
Kao sudionici istog udruženog zločinačkog pothvata navode se i zapovjednici srpske Teritorijalne obrane (TO) Miroljub Vujović i Stanko Vujanović te drugi "poznati i nepoznati" sudionici - pripadnici JNA, TO tzv. "Srpske autonomne oblasti Slavonija, Baranja i Zapadni Srem" , TO Republike Srbije, dobrovoljačkih i paravojnih jedinica, uključujući i one koje je organizirao Vojislav Šešelj, a svi su djelovali pod zapovjedništvom JNA.
Iako se u činjeničnoj osnovi optužnice navodi da je tijekom opsade Vukovara, od kraja kolovoza do 18. studenoga 1991., "JNA granatiranjem u velikoj mjeri razorila grad, a stotine ljudi su poginule" te da su "srpske snage nakon okupiranja grada pobile još nekoliko stotina nesrba i u nekoliko dana protjerale većinu nesrpskog stanovništva", optužnica je iz teško objašnjivih razloga reducirana samo na zločin nad žrtvama koje su iz vukovarske bolnice odvedene na Ovčaru.
Među približno 400 odvedenih iz bolnice bilo je, kako se navodi u optužnici: "pacijenata-ranjenika, bolničkog osoblja i njihove rodbine, bivših branitelja grada, hrvatskih političkih aktivista, novinara i drugih civila".
Uz sudjelovanje Šljivančanina i Radića, izdvojeno je oko 300 Hrvata i drugih nesrba, ukrcano u autobuse i odvedeno u vojarnu JNA na južnoj strani Vukovara, gdje su držani oko dva sata uz zastrašivanje i zlostavljanje. Po zapovjedi Šljivančanina oko 15 zatočenika izvedeno je iz autobusa i vraćeno u bolnicu.
Ostali su potom prevezani na poljoprivredno dobro Ovčara, gdje su zatočenici prisiljeni da trče kroz špalir vojnika JNA, TO, dobrovoljačkih i paravojnih snaga, koji su ih tukli.
Fizički napadi i premlaćivanje zatočenika nastavljano je u zgradi poljoprivrednog dobra, pri čemu su batinama podlegla najmanje dvojica zatočenika, a najmanje jedna zatočenica izvrgnuta je seksualnom nasilju. Među zatočenicima je bilo žena, starijih muškaraca i pacijenata koji su bili ranjeni ili bolesni a čitavo vrijeme nisu dobili nikavu medicinsku pomoć. Šest ili sedam zatočenika je izdvojeno i vraćeno u Vukovar na intervenciju nekih od prisutnih Srba, a potom su pripadnici JNA popisali osobne podatke preostalih muškaraca i dviju žena.
Pripadnici srpskih snaga, podijelili su zatočenike u skupine od 10 do 20 osoba, te ih u večernjim satima skupinu po skupinu ukrcavali u jedan kamion i odvozili u pravcu Grabova, do jedne jaruge obrasle šumom, oko kilometar jugoistočno od Ovčare.
"Na tom su mjestu pripadnici srpskih snaga pogubili najmanje 264 Hrvata i drugih nesrba iz vukovarske bolnice. Pošto su ih pobili, leševe žrtava su buldožerom zakopali u masovnu grobnicu na istoj lokaciji", stoji u optužnici.
Mrkšić (58) je u jesen 1991. kao pukovnik zapovijedao 1. Gardijskom motoriziranom brigadom JNA i Operativnom grupom Jug, koju su činile sve srpske snage angažirane u napadu na Vukovar. Nakon završetka opsade grada unaprijeđen je u generala, a u svibnju 1995. postavljen je za zapovjednika vojske tzv. "Republike Srpske Krajine". Kada su njegovu vojsku tri mjeseca kasnije u operaciji Oluja porazile hrvatske snage, povukao se iz vojne službe.
Tereti ga se da je u zločinačkom pothvatu sudjelovao na način da je "rukovodio, zapovijedao, nadzirao ili drugačije vršio efektivnu kontrolu" nad srpskim snagama koje su evakuirale nesrbe iz vukovarske bolnice, čuvale zatočenike u vojarni JNA u Vukovaru, prevezle zatočenike na Ovčaru, zlostavljale ih i lišile života".
Također se navodi da je znao za sporazum između JNA i hrvatskih vlasti o evakuaciji pacijenata iz vukovarske bolnice, sklopljen u Zagrebu 18. studenoga 1991.; zatim da je naredio vojnicima JNA da nadzor nad zatočenicima predaju drugim srpskim snagama koje su fizički počinile zločine, iako je znao ili imao razloga znati da će zatočenici biti dalje progonjeni i ubijeni, kao i da je kasnije poduzeo mjere da prikrije zločine.
Radić (43), je tijekom napada kao kapetan (satnik) zapovijedao jednom pješačkom četom 1. bataljuna 1. Gardijske brigade, u čijem su sastavu i pod njegovim zapovjedništvom bili pripadnici TO, dobrovoljačkih i paravojnih snaga koje se tereti kao fizičke izvršitelje likvidacija na Ovčari. Također ga se tereti za odvođenje i selekciju zatočenika iz vukovarske bolnice te kasnije prikrivanje zločina. Nakon opsade Vukovara napustio je vojnu službu.
Majora (bojnik) Šljivančanina (52), oficira za sigurnost 1. Gardijske brigade, pored svega ranije navedenog tereti se i da je međunarodnim promatračima osobno onemogućio pristup u vukovarsku bolnicu, da je zadržavao osoblje bolnice dok je trajalo odvođenje civila, da je osobno nadgledao pritvaranje i zlostavljanje zatočenika u vojarni JNA, te da je bio prisutan na Ovčari 20. studenoga kada su vršena kaznena djela iz optužnice. Nakon Vukovara je unaprijeđen u potpukovnika, a od 1996. je s činom pukovnika bio predavač na vojnoj akademiji u Beogradu. Vojnu službu napustio je 2001.
Prvotno su optuženi još 7. studenoga 1995., no kako su se nalazili na slobodi u Srbiji do svibnja 2002. (Mrkšić) odnosno do sredine 2003. (Radić i Šljivančanin), njihova optužnica je više puta modificirana. Mrkšić se dobrovoljno predao ICTY-u a Radić i Šljivančanin su uhićeni. Sva trojica su se izjasnili da nisu krivi za optužbe.
Zajedno s njima, u dopunjenoj optužnici od 3. travnja 1996., optužen je i vukovarski gradonačelnik Slavko Dokmanović, koji je izručen ICTY-u 27. lipnja 1997. Suđeno mu je u izdvojenom postupku, a nakon završetka suđenja objesio se u haškom pritvoru 29. lipnja 1998.
U sklopu "izlazne strategije" ICTY-a, Tužiteljstvo je u veljači ove godine predložilo da se suđenje "vukovarskoj trojci" ustupi pravosuđu Republike Hrvatske ili alternativno SCG, gdje pred Specijalnim sudom za ratne zločine u Beogradu već traje proces protiv 17-orice optuženih da su izravni počinitelji pokolja na Ovčari. U Haškom sudu je 12. svibnja održana rasprava o tom prijedlogu, na kojoj su hrvatski predstavnici istaknuli da po načelu mjesta počinjenja zločina, prioritet pripada Hrvatskoj ali i kako bi zbog težine zločina najprimjerenije bilo suđenje u Haagu, dok su se branitelji optuženih svesrdno zalagali za prebacivanje procesa u Beograd.
Nakon posjeta Beogradu i Zagrebu početkom lipnja, glavna haška tužiteljica Carla del Ponte je izjavila kako je u razgovorima s predstavnicima dviju zemalja "ukazano na potencijalne teškoće" oko provedbe suđenja, te je 10. lipnja povukla svoj prijedlog za ustupanje i predložila da se predmet "Vukovarska bolnica" ponovo dodijeli nekom od raspravnih vijeća ICTY-a, što je izvanraspravno vijeće Haškog suda i prihvatilo 1. srpnja.