Babić (49), je 26. lipnja 2004. u prvom stupnju osuđen na 13 godina zatvora na temelju priznanja krivnje za progon na političkoj, vjerskoj ili rasnoj osnovi kao zločin protiv čovječnosti, zbog ubojstva, zatočenja, deportacija i drugih zločina nad hrvatskim civilima na okupiranim područjima tijekom 1991. i 1992. godine.
Priznao je krivnju i za pomaganje i podržavanje provedbe "udruženog zločinačkog pothvata" s ciljem okupacije i etničkog čišćenja trećine teritorija RH radi pripajanja novoj srpskoj državi.
Prema nagodbi s Tužiteljstvom, ostale četiri točke optužnice su povučene a predložena je najviša kazna do 11 godina zatvora.
Obrana je 3. rujna uložila žalbu na presudu, po 12 žalbenih osnova.
Naknadno je obrana povukla 12. osnovu, a predsjedavajuća Žalbenog vijeća, sutkinja Florence Mumba iz Zambije, danas je čitajući sažetak presude iznijela stajališta vijeća o preostalih 11.
Vijeće je jednoglasno odbacilo 10 od 11 osnova za žalbu a djelomice je usvojilo samo 6. osnov, o ponašanju podnositelja žalbe nakon počinjenja zločina kao olakotnoj okolnosti i to po dva elementa.
Žalbeno vijeće drži da je "raspravno vijeće pogriješilo utvrdivši da se ponašanje podnositelja žalbe nakon zločina progona ne može smatrati olakotnim jer nije uključilo ublažavanje patnji žrtava".
Također je utvrđena pogrešna primjena prava jer vijeće "nije uzelo u obzir napore podnositelja žalbe da pridonese miru kao olakotnu okolnost".
Međutim, Žalbeno vijeće je većinom glasova, uz izdvojeno mišljenje sutkinje Mumba, utvrdilo da te greške nisu od utjecaja na kaznu.
Vijeće je 13-godišnju kaznu također potvrdilo preglasavanjem uz izdvojene mišljenje sutkinje Mumba.
U 6. žalbenoj osnovi, obrana je navela kako je vijeće pogriješilo kod utvrđivanja činjenica i primjene prava, jer nije uzelo o obzir da je "Babić pokušao pridonijeti okončanju neprijateljstava zajedno s veleposlanikom SAD u Hrvatskoj Peterom Galbraithom, u skladu s planom Z-4, te da je pokušao ublažiti probleme u zatvorima zapošljavanjem profesionalnog osoblja".
Obrana je načinila i usporedbu s presudom Biljani Plavšić, kojoj je ponašanje nakon sukoba uračunato kao olakotna okolnost.
Žalbeno vijeće je na tom i drugim primjerima iz žalbe odbacilo uspoređivanje s presudom Plavšić, osuđenoj na 11 godina zatvora, uz ocjenu da "Babićeva kazne nije toliko nesrazmjerna Plavšićkinoj kazni koliko se sugerira u žalbi".
Među 10 žalbenih osnova koje su jednoglasno odbačene su i one da je raspravno vijeće "primoralo Babića da prizna krivnju kao supočinitelj zločina progona" jer je nije htjelo prihvatiti prvi sporazum s Tužiteljstvom u kojem je priznao krivnju za "pomaganje i podržavanje zločina", te zato što je odbilo "otvoreni sporazum" o priznanju krivnje.
Odbačene je i osnova po kojoj se vijeće u presudi poziva na "tvrdnje, izjave, procjene i pitanja" ne navodeći što je utvrdilo kao istinu, uz objašnjenje da činjenice koje strane iznose kao nesporne vijeće može prihvatiti kao istinite.
Tvrdnje iz 3. žalbene osnove, po kojoj vijeće nije uzelo u obzir dokaze o Babićevom ograničenom sudjelovanju u progonu hrvatskih civila, također su odbačene uz neslaganje s tvrdnjom o "ograničenom sudjelovanju u zločinu".
Osnova o nedovoljnom vrednovanju Babićeve suradnje s Tužiteljstvom zbog koje je ugrozio sebe i obitelj, isto je odbačena kao netočna.
Peta žalbena osnova o Babićevom dobrom karakteru prije zločina, također je otklonjena uz ocjenu da se ona rijetko koristi kao olakotna okolnost i to s vrlo malom težinom.
Među ostalim odbačenim žalbenim osnovama su one da je: u presudi izostalo objašnjenje zašto izvršenje pravde zadovoljava kazne od 13 a ne 11 godina zatvora; da je Babićev položaj u srpskom vodstvu pogrešno uzet kao otegotna okolnost; da je vijeće pogrešno ocijenilo vremensko razdoblje na koje s odnosi priznanje za progon i druge.
Presuda sadrži i nalog prema kojem Babić ostaje u pritvoru ICTY-a do dogovora o njegovu prebacivanju u zemlju gdje će izdržavati kaznu.