Chertoff je najavio da planira centralizirati analizu terorističkih prijetnji u svom ministarstvu, staviti veći naglasak na bioterorizam i pojačati sustav za otkrivanje u javnom prometu.
"Naše ministarstvo mora hitno provesti poboljšanja. Naš neprijatelj se neprekidno mijenja i prilagođava, pa tako i mi moramo biti brzi i odlučni", rekao je Chertoff govoreći o temeljitoj reorganizaciji dvije godine starog ministarstva osnovanog nakon terorističkih napada na SAD 11. rujna 2001.
Reforma je odgovor na kritike da je domovinska sigurnost i dalje neusredotočena i loše koordinirana te smjera potaknuti usporenu birokraciju opsjednutu međusobnom borbom za nadležnost i osigurati da se resursi ministarstva upotrijebe na sigurnosno najugroženijim poljima.
Chertoff je obećao pojačati opću spremnost posebice na katastrofalne događaje, poboljšati sigurnost transportnog sustava, ojačati sigurnost granica i povećati razmjenu informacija s partnerskim agencijama.
Među najavljenim mjerama je i postavljanje sustava za otkrivanje eksploziva, bioterorizma, kemijskih i radioaktivnih materijala na željeznici, u podzemnim željeznicama i autobuskom prometu što je posebice aktualno nakon terorističkih napada na prometni sustav u Londonu.
Chertoff je najavio ojačati ljudstvo i tehnologiju na američkim granicama kako bi se spriječili ilegalni ulasci, ali i da će uskoro biti olakšan sustav ulaska za strance koji legalno dolaze u SAD.
Ministarstvo domovinske sigurnosti osnovano je u ožujku 2003. u najvećoj vladinoj reorganizaciji od 1947. i okupilo je 22 agencije sa 180.000 uposlenika sa zadaćom da brani Sjedinjene Države od terorističkih i drugih napada.
U okviru reorganizacije ministarstva Chertoff je najavio stvaranje mjesta obavještajnog direktora kako bi se centralizirala analiza podataka koje prikuplja 11 ureda ministarstva.
Uvest će se i mjesto glavnog dužnosnika za bioterorizam koji će koordinirati odgovor na biološke napade kao i mjesto podtajnika koji će nadzirati međunarodne poslove i strateško planiranje.