Beqaja (52) su snage KFOR-a uhitile na Kosovu u studenom 2004. na temelju optužnice koja ga u tri točke tereti za nepoštivanje suda, pokušaj nepoštivanja suda i poticanje na nepoštivanje suda.
Na prvom stupanju pred ICTY odbacio je optužbe, a početkom ožujka ove godine pušten je na privremenu slobodu. Sudsko vijeće prošloga je tjedna naložilo da se vrati u pritvor.
Beqaja se tereti da je zatrašivao, uznemiravao i pokušao podmititi svjedoke optužbe u postupku ICTY-a protiv bivših zapovjednika Oslobodilačke vojske Kosova (OVK) Fatmira Limaja, Haradina Bale i Isaka Muslijua, od kojih je posljednji njegov rođak.
Prema optužnici, Beqaj je "od 17. veljače 2003. do 19. listopada 2004. sam ili u dosluhu s drugima svjesno i namjerno ometao provedbu pravde tako što je zastrašivao, uznemiravao, nudio mito svjedocima i potencijalnim svjedocima".
Za nepoštivanje suda previđena je kazna do sedam godina zatvora i novčana kazna do 100.000 eura, odnosno kombinacija tih dviju kazni.
Limaj, Musliju i Bala optuženi su za zločine nad srpskim i albanskim civilima u logoru OVK Lapušnik u ljeto 1998., a na suđenju pred Haškim sudom u tijeku je 14. tjedan dokaznog postupka optužbe.