Odnošenje posmrtnih ostataka Ivana Pavla II. s Trga sv. Petra pozdravljeno je velikim i dugotrajnim pljeskom u petak poslije svečane trosatne mise koju je u povodu sprovoda Ivana Pavla II. predvodio dekan Kardinalskog zbora, kardinal Joseph Ratzinger.
Lijes od čempresova drva s Papinim tijelom unijet je potom kroz glavna vrata bazilike, da bi poslije ponovno izašao na vrata Sante Marte i bio donesen, na ramenima nosača Papinske stolice, do kripte. Tu je održana polusatna ceremonija te je najprije drveni lijes stavljen u cinčani i ovaj zatim u lijes od orahova drveta. Drveni lijes bio je prethodno povezan crvenim vrpcama i zapečaćen Papinim i vatikanskim pečatima. Isto tako je zapečaćen i onaj od orahova drva.
Nakon toga, u prisutnosti kardinala kamerlenga Eduarda Martineza Somala, lijes je položen u zemlju na prostoru na kojem je prethodno počivao Ivan XXIII., čiji su ostaci 2000. poslije beatifikacije prebačeni u baziliku. Grob Ivana Pavla II. nalazi se u neposrednoj blizini prvoga pape, sv. Petra, i dvojice prethodnika pape Wojtyle, Pavla VI. i Ivana Pavla I.
Pokopom Ivana Pavla II. završeni su sprovodni obredi kojima je u petak u Rimu nazočilo oko 200 svjetskih čelnika i dostojanstvenika, stotine tisuća hodočasnika i milijuni televizijskih gledatelja diljem svijeta.