On je peti haški optuženik iz Srbije ili Republike Srpske koji je od kraja siječnja iz Beograda stigao na predaju u Haag, kao rezultat napora srbijanske vlade u sklopu kojih se optuženicima i njihovim obiteljima jamči financijska i druga pomoć.
Stanišića (51) se tereti po osobnoj i zapovjednoj odgovornosti za progon, deportacije i ubojstva bosanskih Muslimana, Hrvata i drugih nesrba tijekom 1992. godine, kada su srpske snage provele glavninu etničkog čišćenja teritorija današnje RS.
Optužen je u sedam točaka za zločine protiv čovječnosti zbog progona na političkoj, vjerskoj ili rasnoj osnovi, deportacija, ubojstava, mučenja i nehumanog postupanja, uključujući prisilno premještanje stanovništva.
U tri točke optužen je za kršenje ratnog prava i običaja zbog ubojstava, mučenja i okrutnog postupanja.
Prema memoarskim zapisima bivše predsjednice RS Biljane Plavšić, Stanišić je 1992. pripadao najužem vodstvu bosanskih Srba, zajedno s Radovanom Karadžićem, Ratkom Mladićem i Momčilom Krajišnikom.
Stanišić je u Haag doputovao u pratnji ministra uprave Srbije Zorana Lončara i ministra unutrašnjih poslova Republike Srpske Darka Matijaševića. Srbijanska vlada najavila je davanja jamstva za njegovo puštanje na slobodu do početka suđenja.