Prema pisanju tog tjednika protiv Silajdžića je optužnica podignuta na temelju dokumentacije koju su haškim istražiteljima proteklih godina dostavljali hrvatski i srpski uredi iz BiH zaduženi za odnose s Haškim sudom.
Silajdžića se, kako navodi mostarski tjednik Danas, drži odgovornim za ubojstva, progone nebošnjačkog stanovništva, utemeljenje koncentracijskih logora u kojima su podvrgnuti mučenju i ubijani srpski i hrvatski civili te ratni zarobljenici.
"Haško tužiteljstvo smatra da je Silajdžić s obzirom na visok položaj u vlasti mogao, a to nije učinio, sankcionirati i spriječiti ubojstva i progone nebošnjačkog stanovništva u sarajevskoj regiji, središnjoj Bosni i sjevernoj Hercegovini", piše tjednik Danas.
Također se navodi da se Silajdžića "drži odgovornim i za infiltraciju mudžahedina u postrojbe Armije BiH, koji su organizirano uz znanje bošnjačkih vlasti dovođeni u BiH".