Predloženi Zakonik 'doživio' je brojne izmjene u odnosu na prvo saborsko čitanje, pa tako dozvolu za ulazak u teritorijalne vode stranim ratnim nuklearnim brodovima neće davati ministar obrane, nego Vlada, uz prethodnu suglasnost Nacionalnog vijeća za atomsku energiju.
Hrvatska se Zakonikom obvezuje na suradnju s državama EU na području zaštite od onečišćenja teritorijalnog mora, unutarnjih voda i zaštićene ekološko-ribolovne zone.
Posada broda, pored pomorske knjižice, za ukrcaj na brod u međunarodnoj plovidbi morala bi imati i ugovor o radu, a u cilju vraćanja hrvatskih brodova pod nacionalni stijeg predviđa se da se osnovica za plaću brodarima u međunarodnoj plovidbi određuje prema plaći brodara u nacionalnoj plovidbi, ne više međunarodnoj.
Brodari u međunarodnoj plovidbi bili bi izuzeti od plaćanja poreza na reinvestiranu i sačuvanu dobit, a ostavila bi se mogućnost i stranim jahtama da se, ako se registriraju u Hrvatskoj i plaćaju porez, mogu upisati u hrvatski upisnik brodova i jahti.
Pomorskim zakonikom pooštravaju se prekršajne kazne, posebno za onečišćenje mora.
Odbor je podržao i konačni prijedlog Zakona o javnim cestama, kojim se, među ostalim, hrvatska legislativa koja uređuje to područje nadopunjuje direktivom EU koja regulira naknade za prolaz teških teretnih kamiona kroz teritorij pojedine države.
Zakonom se propisuje i da se koncesije za gradnju javnih cesta mogu izdavati isključivo na javnom natječaju.