Ministar Nikolić rekao je da je za ukidanje 'paralelizama' u zapovijedanju koje se odražava u hrvatskoj odnosno bošnjačkoj komponenti Vojske Federacije BiH. Međutim, on smatra da paralelizam i dvije odnosno tri komponente (misli se na vojsku Republike Srpske) nisu smetnja u stvaranju zajedničke vojske Bosne i Hercegovine, što je uvjet za ulazak u NATO.
Vojske poput one u Kraljevini Jugoslaviji i u SFRJ su "bile vojske pune integracije, koje su zatirale bilo kakva nacionalna obilježja. Te su vojske bile u rukama većinskog naroda i oružje je bilo u rukama većinskog naroda", rekao je ministar dodajući da treba pronaći "novi modalitet formiranja vojske" za što uzori postoje na Zapadu, primjerice u Belgiji ili Švicarskoj. "Moramo graditi takvu vojsku BiH gdje će biti zadovoljeni interesi svih naroda, ali gdje će istovremeno zapovjednik Operativne komande zapovijedati svakom postrojbom i svakim pojedincem", rekao je Nikolić istaknuvši da to treba biti vojska u kojoj neće biti majorizacije.
Bosna i Hercegovina je tijekom 2003. i 2004. godine provela djelomični preustroj obrambenog sustava uspostavivši Ministarstvo obrane na državnoj razini te glavni stožer i operativno zapovjedništvo oružanih snaga. Istodobno su, međutim, nastavila funkcionirati ministarstva obrane i glavni stožeri vojski Federacije BiH odnosno RS.
Uspostava zajedničkog nadzora i zapovjedništva na državnoj razini preduvjet je kako bi BiH mogla postati članicom programa Partnerstvo za mir, no vlastima te zemlje ranije je kazano kako će za punopravno članstvo u NATO-u postojeće entitetske vojske morati biti u cijelosti integrirane.