Arheološki muzej Istre od samog početka gradnje "Ipsilona" sudjeluje u sustavnim zaštitnim arheološkim istraživanjima na trasi te prometnice, koja su obogatila arheološki zemljovid istarskog poluotoka brojnim novim arheološkim lokalitetima, istaknuto je.
Prva zaštitna iskopavanja napravljena su 1998. godine kada je na trasi Rogovići - Vodnjan, u pećini Pečinovac, kod mjesta Okreti, pronađen arheološki lokalitet iz brončanog doba, izvijestila je ravnateljica Arheološkog muzeja Istre dr. Kristina Mihovilić.
Nadalje, na trasi Medaki - Nova Vas godine 2003. sustavno je istražen antički lokalitet na području vinograda južno od Bačve, a na dionici Umag - Buje prošle je godine istražen antički lokalitet kod Sv. Jelene.
Najvažnija arheološka istraživanja na trasi "Istarskog ipsilona" još su u tijeku, i to na dionici Vodnjan - Pula, završetkom koje će biti zgotovljena prva faza izgradnje "Istarskog ipsilona", rekla je ravnateljica Arheološkog muzeja Istre dr. Mihovilić.
Naime, na dijelu između Vodnjana i Pule, u blizini Nezakcija (antičke gradine), kod lokacije Stancije Peličeti, stručni tim Arheološkog muzeja Istre ljetos je pronašao antičku vilu Rustiku, odnosno rimsko gospodarsko imanje, izgrađeno u prvom stoljeću, koje dosad nije zabilježeno u literaturi.
Arheolozi, pod vodstvom mr. Kristine Džin, istražili su ondje oko pet tisuća četvornih metara terena te pronašli niz značajnih nalaza, poput cisterne popločene keramičkim pločicama i monumentalni kameni šaht za oborinske vode.
Načelnik općine Marčana, na čijem području se provode iskapanja, Marijan Kostešić, kazao je kako će u dogledno vrijeme taj arheološki lokalitet postati mali arheološki park otvoren za posjete javnosti.
"Višegodišnji intenzivni terenski radovi na području 'Istarskog ipsilona' zakočili su našu uobičajenu muzejsku djelatnost, no s druge strane, arheologija Istre obogaćena je novim podatcima o cijelom nizu lokaliteta", zaključila je ravnateljica Arheološkog muzeja Istre, dr. Kristina Mihovilić.