Raspravno vijeće Haškog suda (ICTY) Jokića je 18. ožujka 2004. godine osudilo na jedinstvenu zatvorsku kaznu od sedam godina, nakon što je Jokić na temelju nagodbe s tužiteljstvom u kolovozu 2003. godine priznao krivnju za zločine počinjene napadom na Dubrovnik kao kršenje ratnog prava i običaja.
Raspravno vijeće proglasilo ga je na temelju toga priznanja krivim za ubojstva, napade na civile i civilne objekte, neopravdano razaranje, okrutne postupke, uništavanje vjerskih, obrazovnih i umjetničkih objekata i povijesnih spomenika u gradskoj jezgri Dubrovnika koja je pod zaštitom UNESCO-a.
Jokić je na sedmogodišnju zatvorsku kaznu uložio žalbu u travnju 2004. godine, a tužiteljstvo se nije žalilo na presudu. Jokić je uložio žalbu u šest točaka, od kojih je Žalbeno vijeće u utorak djelomično prihvatilo jednu, a odbacilo sve ostale.
Naime, Žalbeno vijeće je utvrdilo da je Jokić po šest točaka optužnice pogreškom kažnjen i po osobnoj i zapovjednoj odgovornosti za isto djelo, što po statutu Haškog suda nije moguće. Zbog toga mu, međutim, nije smanjena kazna, jer mu je Žalbeno vijeće u tim slučajevima zapovjednu odgovornost uzelo kao otegotnu okolnost.
Ostale elemente Jokićeve žalbe, da Raspravno vijeće pri izricanju presude kao olakotne okolnosti nije dovoljno uzelo u obzir njegovu dob, zdravstveno stanje, izuzetne obiteljske prilike, dobar karakter i profesionalizam, ponašanje nakon napada na Dubrovnik, dobrovoljnu predaju Haškom sudu, uzorno ponašanje za vrijeme privremenog boravka na slobodi ili priznanje krivnje, Žalbeno vijeće je odbacilo utvrdivši da je Raspravno vijeće sve navedene elemente primjereno razmotrilo. Stoga je Žalbeno vijeće odlučilo da se Jokiću pravomoćno potvrđuje sedmogodišnja kazna i nalaže povratak u zatvor.
U sažetku presude iz 2004. godine, Raspravno vijeće je istaknulo da se Jokiću izriče kazna za kaznena djela koja predstavljaju teška kršenja međunarodnog humanitarnog prava, kao što su ubojstva dvojice i ranjavanje troje civila, napad na civilne objekte, i posebno zbog uništavanja jedinstvene arhitektonske i kulturne cjeline Starog grada. "Granatiranje Dubrovnika bio je napad na kulturnu baštinu cijelog čovječanstva", navodi se u toj presudi. Jokićeva je kaznena odgovornost kvalificirana dijelom kao "pomaganje i podržavanje", a dijelom "kao zapovjedna odgovornost".
Raspravno vijeće je utvrdilo da je Jokićevo sudjelovanje u kaznenim djelima bilo "marginalno i uglavnom se temeljilo na nečinjenju". Istaknuto je da je Jokić ispred JNA pregovarao o prekidu vatre početkom prosinca 1991., te da nije naredio napad na Dubrovnik 6. prosinca.
Jokić se dobrovoljno predao ICTY-u 12. listopada 2001. godine, a na privremenoj slobodi, uz kraće prekide, boravio je od 20. veljače 2002. do izricanja prvostupanjske presude.