Nikolić (47), optužen u šest točaka za genocid i suučesništvo u genocidu, zločine protiv čovječnosti i kršenja ratnog prava i običaja, zatražio je od suca Liu Daquna da se o krivnji izjasni u roku od 30 dana u nazočnosti svog branitelja, što je sudac odobrio.
Haškom sudu predao se 17. ožujka, a sucu Liu je rekao da je do predaje živio u Banji Koviljači u Srbiji.
Nakon generala Ljubiše Beare, koji se predao u prosincu 2004., Nikolić je drugi haški bjegunac iz tzv. "srebeničke petorke" koji se predao ICTY-u. Za danas je najavljeno prebacivanje u Haag i trećeg člana Vinko Pandurevića, a u bijegu ostaju Ljubiša Borovčanin i Vujadin Popović.
Nakon što se svi nađu u pritvoru ICTY-a vjerojatno će uslijediti objedinjavnje optužnica i zajedničko suđenje.
U optužnici, koja je potvrđena 6. rujna 2002., navodi se da je u vrijeme napada na srebreničku enklavu snaga bosanskih Srba u srpnju 1995., te ubijanja i pogubljenja muslimanskih muškaraca i mladića koja su uslijedila, poručnik Nikolić bio načelnik za sigurnost Zvorničke brigade VRS.
Od 12. do 19. srpnja 1995. snage VRS-a su zarobile, pritvorile, pogubile i pokopale više od 7.000 Muslimana, muškaraca i mladića u dobi od 16 do 60 godina iz srebreničke enklave a žene i djecu su prisilno premjestile izvan enklave.
Optužnica navodi da je Nikolić počinio, planirao, poticao, naredio i na druge načine pomagao i podržavao planiranje, pripremu i izvršenje zločina za koje je okrivljen.
Tereti ga se da je, zajedno s drugim visokim oficirima VRS, bio jedan od ključnih sudionika udruženog zločinačkog pothvata čiji je rezultat bio najteži pokolj u Europi nakon II. svjetskog rata.
Nikolić je prvotno optužen s generalom Radislavom Krstićem, kojeg je ICTY 2003. pravomoćno osudio na 35 godina zatvora za pomaganje i podržavanje genocida počinjenog nad Bošnjacima u Srebrenici.