Tereti ga se po osobnoj i zapovjednoj odgovornosti zbog toga što nije spriječio ili kaznio počinitelje - opsade i granatiranja Sarajeva 1993-95; raketiranja Zagreba u svibnju 1995. i pokolja u Srebrenici u srpnju 1995. U 13 točaka tereti ga se zbog progona na vjerskoj, rasnoj ili političkoj osnovi, istrebljenja, ubojstava, nehumanih djela i napada na civile kao zločina protiv čovječnosti i kršenja ratnog prava i običaja.
U optužnici, koja je otpečaćena tek nakon Perišićeva dolaska u Haag, navodi se da je kao načelnik glavnog stožera VJ od 26. kolovoza 1993. do 24. studenoga 1998., bio podređen samo predsjedniku SRJ Slobodanu Miloševiću i Vrhovnom vijeću obrane.
Njegove ovlasti nad vojnim i civilnim osobljem glavnog stožera VJ uključivale su "transfer i premještaj osoblja VJ u Vojsku Republike Srpske (VRS) i tzv. Srpsku vojsku Krajine (SVK) preko 30. i 40. kadrovskog centra glavnog stožera VJ za kraća privremena zaduženja ili dulja neograničena razdoblja", navodi se u optužnici.
Iako je dnevnu operativnu kontrolu nad premještenim osobljem VJ povjerio zapovjednicima tih snaga (VRS i SVK), Perišić je zadržao ovlasti nad odlukama o njihovim plaćama, unaprjeđenju, završetku službe, te nad njihovim discipliniranjem i kažnjavanjem.
Perišić je također izravno raspolagao materijalnim sredstvima VJ, uključujući oružje, streljivo, gorivo, hranu, lijekove i drugo.
Po osobnoj odgovornosti tereti ga se za pomaganje i podržavanje zločina zbog pružanja značajne materijalne pomoći VRS i SVK za koju je znao da će biti korištena za počinjenje zločina iz optužnice.
"Takva pomoć uključuje osiguranje većine visokih oficira za VRS i SVK kao i isporuku velikih količina oružja, streljiva i drugog logističkog materijala nužnog za počinjenje zločina", navodi se.
Po zapovjednoj odgovornosti tereti ga se zbog toga što, iako je znao da se pripremaju, nije spriječio da njemu podređeni počine zločine ili što nije zapovjedio istragu i kažnjavanje počinitelja zločine.
U prve četiri točke optužnice koje se odnose na Sarajevo, tereti ga se da je pomagao i podržavao planiranje, pripremu i vođenje kampanje granatiranja i snajperskog djelovanja u kojoj je ubijeno tisuće civila. Tereti ga se i da nije istražio zločine koje su u Sarajevu počinili njemu podređeni pripadnici 30. kadrovskog centra VJ - generali Ratko Mladić, Stanislav Galić i Dragomir Milošević.
Perišić je u točkama 5 do 8, optužen za raketiranje Zagreba 2. i 3. svibnja 1995., iz višecijevnih raketnih bacača Orkan s kazetnim bojevim glavama, sa srpskih položaja na Petrovoj Gori.
U optužnici se navodi da je po nalogu Milana Martića, predsjednika tzv. RS Krajine, zapovjednik VSK general Milan Čeleketić naredio raketne napade na središte Zagreba u kojima je ubijeno najmanje sedam a ranjeno oko 200 civila.
Posljednjih pet točaka optužnice terete Perišića za pokolj više od 7.000 bošnjačkih muškaraca i dječaka zarobljenih nakon pada Srebrenice 11. srpnja 1995., koji su zapovjedili i organizirali pripadnici 30. kadrovskog centra VJ na službi u VRS - Ratko Mladić, Radislav Krstić, Ljubiša Beara, Vujadin Popović, Vidoje Blagojević i drugi optuženici ICTY-a od kojih su neki, poput Krstića i Blagojevića, već pravomoćno osuđeni za genocid u Srebrenici.