Kovačević (45), koji je rođen u Slavonskom Brodu, uhićen je u Švedskoj 2010. godine na temelju tjeralice koju je za njim raspisao sud u Doboju.
Zbog težine zločina što ih je navodno počinio njegov je slučaj preuzelo Tužiteljstvo BiH na čiji ga je zahtjev Švedska i izručila bosanskohercegovačkom pravosuđu u listopadu 2011. godine od kada se nalazi u pritvoru Suda BiH u Sarajevu.
Optužnica ga tereti da je tijekom rata u BiH kao pripadnik 101. brigade HVO stacionirane na području Bosanskog Broda u ožujku, travnju, srpnju i kolovozu 1992. godine postupao protivno pravilima međunarodnog humanitarnog prava i Ženevske konvencije o zaštiti civila za vrijeme oružanih sukoba.
Kovačevića se tereti da je osobno ili zajedno s drugim pripadnicima HVO-a, Hrvatskih obrambenih snaga (HOS) i Hrvatske vojske (HV), sudjelovao u ubojstvima, mučenjima, nezakonitom zatočenju, odvođenju na prisilni rad, pljačkanju i neopravdanom uništavanju imovine civila srpske nacionalnosti.
U optužnici se navodi kako je Kovačević kao počinitelj i supočinitelj sudjelovao u ubojstvima više civila srpske nacionalnosti, među kojima su bile bolesne i starije osobe, te jedna malodobna osoba.
Optužnica je proslijeđena na potvrđivanje Sudu BiH.