Bivši premijer i predsjednik HR HB Jadranko Prlić, ministar obrane Bruno Stojić, ministar policije Valentin Čorić, zapovjednici HVO-a generali Milivoj Petković i Slobodan Praljak, te šef uprave zatvora i logora HVO-a Berislav Pušić, optuženi su u ožujku 2004. u 26 točaka za zločine protiv čovječnosti, kršenje ratnog prava i običaja i teške povrede Ženevskih konvencija koje su navodno počinili tijekom etničkog čišćenja Bošnjaka s područja općina Prozor, Gornji Vakuf, Jablanica, Mostar, Ljubuški, Stolac, Čapljina i Vareš 1993/94. godine.
Sva šestorica su se 5. travnja 2004. dobrovoljno predali ICTY-u, dan poslije su se izjasnili da nisu krivi, a od 9. rujna 2004. su na privremenoj slobodi u Hrvatskoj čekali početak suđenja.
Po individualnoj odgovornosti tereti ih se da su planirali, poticali, naredili i/ili počinili zločine iz optužnice, a po zapovjednoj da nisu poduzeli mjere nužne da spriječe ili kazne podređene počinitelje.
Optuženi su za progon desetaka tisuća Bošnjaka i drugih ne-Hrvata na političkoj rasnoj i vjerskoj osnovi, za ubojstva, silovanja, nehumano i okrutno postupanje, deportacije, prisilno preseljenje, zatočenje civila, prisilni rad, razaranje naselja, teror nad civilima (Mostar) te pljačku javne i privatne imovine.
Tereti ih se da su zločine iz optužnice počinili u okviru udruženog zločinačkog pothvata (UZP) hrvatskog vodstva na čelu s pokojnim predsjednikom dr. Franjom Tuđmanom i ministrom obrane Gojkom Šuškom, s ciljem da se "politički i vojno podrede, trajno uklone i etnički očiste Bošnjaci i drugi ne-Hrvati koji su živjeli na teritorijima Hrvatske zajednice (kasnije Republike) Herceg Bosne, radi pripajanja tih područja 'Velikoj Hrvatskoj'".
Teritorijalna ambicija udruženog zločinačkog pothvata bila je uspostava hrvatskog područja unutar granica Banovine Hrvatske, entiteta koji je postojao od 1939. do 1941. godine, stoji u optužnici.
Predmetni tužitelj Kenneth Scott, koji je najavio 400 svjedoka optužbe i oko 9.500 dokaznih predmeta, rekao je da će uvodna riječ optužbe trajati približno šest sati ili dan i pol rasprave, a jednako je vrijeme za uvodnu riječ zatražio i general Praljak, kao jedini na strani optuženih i obrane koji će to učiniti u ovoj fazi postupka.
Prema tim najavama, tri raspravna dana u ovome tjednu bit će posvećena uvodnim riječima, a izvođenje dokaza počet će idućeg tjedna iskazom svjedoka iz hercegovačkog gradića Stolca.
U predraspravnom spisu tužitelji na 250 stranica preciziraju načine dokazivanja optužnih navoda, citirajući navode iz knjiga i izjava Franje Tuđmana, transkripte, izjave i razgovore članova udruženog zločinačkog pothvata i optuženih, presude ICTY-a iz predmeta Blaškić, Kordić, Naletilić, Aleksovski i drugi kojima se potvrđuje puna kontrola RH nad HVO-om i sudjelovanja HV-a u ratu u BiH, rezolucije Vijeća sigurnosti UN, etc. Sudeći po tom podnesku Tužiteljstva, suđenje šestorici čelnika Herceg Bosne u jednakoj će mjeri biti i suđenje hrvatskoj politici prema BiH devedesetih, pri čemu se njezini umrli tvorci tretiraju kao nalogodavci a optuženi kao puki izvršitelji.
Vođenje prvog "mega suđenja" ICTY-a, sa šestoricom optuženih i dvanaest branitelja, otvorilo je složena tehnička i pravna pitanja koja ni uoči početka procesa nisu riješena, te će o njima biti riječi na predraspravnoj konferenciji u utorak.
Najveće je pitanje trajanje suđenja, jer je procijenjeno da će samo za dokazni postupak obrane trebati tri godine, zatim vrijeme koje će biti dodijeljeno obrani u cjelini i pojedinačno, te druga.
Proces vodi vijeće francuskog suca Jean-Clauda Antonettija.