Na konferenciji za novinare, koju je imao s crnogorskim kolegom Miomirom Vlahovićem, Rupelu je postavljeno pitanje kako to da je Hrvatska riješila pitanje granice na moru s Crnom Gorom, a sa Slovenijom nije. Rupel je odgovorio da je Hrvatska sa Srbijom i Crnom Gorom postigla privremeno rješenje za granicu na moru, dok sa Slovenijom nije bila spremna prihvatiti sporazum Drnovšek-Račan.
"Izražavam žaljenje što unatoč postignutom sporazumu koji zovemo sporazum Drnovšek-Račan u Hrvatskoj nakon toga nije bilo volje da se ono što je bilo obećano i potpisano i realizira", rekao je Rupel. Dok je hrvatska strana odustala od tog sporazuma zbog kritika i javnosti, slovenska strana se na njega često poziva kao na važan dokument čije bi se pretpostavke navodno uvažile i na mogućoj arbitraži s obzirom na to da je bio usklađen i potvrđen na sjednicama obje vlade.
Rupel odbacivanje spomenutog parafiranog sporazuma često spominje kao dokaz "nekredibilnosti" hrvatske strane i u slučaju novih pregovora o graničnom sporazumu ili rješavanja spora pred međunarodnim sudom odnosno arbitražom. On se zauzima za to da Hrvatska i Slovenija granična pitanja riješe u "europskom okviru" tijekom hrvatskih pristupnih pregovora sa EU.
"Mislim da bi i Slovenija moglo ponešto naučiti od naših crnogorskih prijatelja", rekao je Rupel komentirajući činjenicu da su Crna Gora i Hrvatska postigle sporazum o morskoj granici.