Vijeće sigurnosti UN odredilo je ICTY-u rok do kraja 2004. za dovršenje svih istraga i optužnica, do kraja 2008. za sva suđenja te do kraja 2010. za žalbene postupke.
U zadnjoj godini svog istražnog mandata Tužiteljstvo je podiglo šest novih optužnica protiv ukupno 12 osoba, te najavilo dovršetak istraga i prijedloge za još šest optužnica protiv 10 do 12 osoba.
Deset od 12 optuženih bili su Hrvati iz Hrvatske ili BiH
Prva optužnica podignuta je u ožujku protiv generala Ivana Čermaka i Mladena Markača, u travnju je slijedila optužnica za šestoricu Hrvata iz BiH na čelu s Jadrankom Prlićem, dok je u svibnju optužen general Mirko Norac.
U listopadu je otpečaćena optužnica protiv bosanskog Hrvata Miroslava Brale - Cicka, podignuta još daleke 1995. godine.
Pored njih, ICTY je u 2004. optužio Gorana Hadžića, čelnika pobunjenih Srba u istočnoj Slavoniji, te Albanca Beqe Beqaja za nepoštivanje suda zbog zastrašivanja svjedoka.
Svi Hrvati optuženi na proljeće dobrovoljno su se i u najkraćem roku predali ICTY-u, pa je Hrvatska u prvoj polovici godine hvaljena za punu suradnju s Haagom i isticana kao primjer za SCG i BiH.
Pozitivne ocjene za Hrvatsku; Čermak i Markač ipak pušteni
Pozitivne ocjene glavne tužiteljice Carle del Ponte i predsjednika suda Theodora Merona, omogućile su dovršetak ratifikacija SSP-a za Hrvatsku, pozitivan 'avis' te status kandidata za članstvo u EU.
Honorirajući suradnju, sud je relativno brzo odobrio privremenu slobodu za šest Hrvata iz BiH, ali je pravna bitka za puštanje iz pritvora Čermaka i Markača trajala čak devet mjeseci sve dok žalbeni suci 2. prosinca nisu ispravili greške raspravnog vijeća.
Kooperativnost Hrvatske je nagrađena i odlukom da se Mirku Norcu 8. srpnja, istoga dana po dolasku u Haag i izjašnjavanju o krivnji, dopusti povratak u Hrvatsku gdje je već izdržavao kaznu zatvora.
Del Ponte: Hrvatska je iznevjerila obećanja
Haag mijenja stajalište prema suradnji Hrvatske u listopadu, kada Del Ponte izvješćuje EU o "iznevjerenim obećanjima" Vlade, tvrdi da je general Ante Gotovina u Hrvatskoj i traži novi pritisak.
Početkom studenoga Del Ponte ponavlja kritike pred Vijećem NATO-a te traži od Hrvatske uhićenje Gotovine i Miroslava Brale.
Predsjednik ICTY-a Meron tijekom prvog posjeta Hrvatskoj 5-7. studenoga upozorava da je "izručenje Gotovine od kritične važnosti za pozitivno izvješće UN-u", ali i izražava priznanje za obavljene pripreme sudstva u RH za preuzimanje predmeta ICTY-a.
Miroslav Bralo se 10. studenoga predao SFOR-u u BiH, a tužiteljica u izviješću Vijeću sigurnosti UN 23. studenoga, govoreći o tom slučaju, odaje priznanje RH za "transgraničnu suradnju".
No, iako je na izravan ili neizravan način u 2004. osigurala pojavljivanje pred ICTY-em 10-orice optuženih te ispunila druge obveze suradnje, Hrvatska zbog odbjeglog generala Gotovine u završnim izvješćima Del Ponte i Merona UN-u nije dobila ocjenu "u potpunosti surađuje", što je ugrozilo dobijanje datuma za početak pristupnih pregovora s EU.
Hrvatska dobila datum za EU, uz uvjet suradnje s Haagom
Na kraju je EU ipak odredila 17. ožujka uz uvjet suradnje s Haagom, ali je prozivanje Hrvatske u istoj ravni sa SCG i RS koje izbjegavaju svaku suradnju s Haagom opravdalo kritike nekih američkih dužnosnika prema kojima Haški sud danas destabilizira zemlje u regiji.
Većina presuda izrečena Srbima
Dok je 2004. na planu optužnica protekla u znaku Hrvata, većina od 11 presuda izrečena je Srbima, od čega sedam u prvom stupnju i jedna pravomoćna - generalu VRS Radislavu Krstiću osuđenom na 35 godina zbog pomaganja genocida nad Bošnjacima u Srebrenici.
Radoslav Brđanin osuđen je na 32 godine zatvora, Ranko Češić na 18, Darko Mrđa na 17, Mitar Vasiljević na 15, Milan Babić na 13, Miroslav Deronjić na 10 i Miodrag Jokić na sedam godina zatvora.
Blaškić izašao iz zatvora
Tri preostale presude u 2004. su pravomoćne presude Hrvatima iz BiH. Generalu HVO-a Tihomiru Blaškiću je 45-godišnja kazna zatvora preinačena u devet godina, nakon što su ga dokumenti iz arhiva SIS-a amnestirali odgovornosti za zločin u Ahmićima.
U posljednjoj presudi u 2004., Mariju Čerkezu je Žalbeno vijeće preinačilo presudu i umjesto 15-godišnje, izreklu mu novu kaznu od šest godina zatvora, dok je Dariju Kordiću potvrdilo odgovornost za Ahmiće i prvostupanjsku kaznu od 25 godina zatvora.
Blaškić i Čerkez su među četvoricom haških osuđenika koji su 2004. oslobođeni nakon izdržavanja kazne. Pored njih, kaznu su odslužili i Anto Furundžija te bosanski Srbin Simo Zarić.
Tijekom godine na izdržavanje kazne prebačeni su Radislav Krstić u Veliku Britaniju, Dragan Obrenović u Norvešku, Mitar Vasiljević u Austriju i Darko Mrđa u Španjolsku.
Na slobodu do početka suđenja pušteni su, pored spomenutih Hrvata, i Blagoje Simić, Miroslav Tadić, Jovica Stanišić i Franko Simatović, te na obvezno psihijatrijsko liječenje Vladimir Kovačević Rambo.
Tužiteljstvo je pet predmeta predložilo za ustupanje nacionalnim pravosuđima, među kojim i objedinjeni predmet protiv Norca i generala Rahima Ademija Hrvatskoj, o čemu još nije odlučeno.
U postupku protiv Miloševića završen dokazni postupak
Na najsloženijem i najvažnijem procesu ICTY-a, suđenju bivšem jugoslavenskom predsjedniku Slobodanu Miloševiću, u veljači je završen dvogodišnji dokazni postupak optužbe a 31. kolovoza počelo je iznošenje obrane. Pokušaj suda da u ovoj fazi nametne branitelja Miloševiću propao je zbog bojkota svjedoka obrane, pa od studenoga on ponovo sam vodi svoju obranu i ispituje svjedoke, a branitelj Steven Kay ostavljen je kao rezerva za slučaj bolesti optuženog.