Na dodatnom stupanju pred sud, početkom rujna, Šešelj je iskoristio mogućnost da se o krivnji prema dopunjenoj optužnici izjasni u roku od 30 dana, no danas je ponovo odbio izjašnjavanje.
U dopunjenoj optužnici, koja je potvrđena 15. srpnja, Šešelju nisu dodane nove točke optužnice već su prošireni činjenični navodi postojećih 14 točaka optužnice.
Šešelja se dodatno tereti da je fizički počinio djelo progona protiv Hrvata i Bošnjaka, kada je uporabio "govor mržnje" u Vukovaru u studenom 1991., u Malom Zvorniku (Srbija) u ožujku 1992. i u Tovarniku (Vojvodina) u svibnju 1992.
Također ga se dodatno tereti za teške zločine nad Bošnjacima i Hrvatima na širem području Sarajeva, u Ilijašu, Vogošći, Novom Sarajevu, Ilidži i Rajlovcu, te u Bijeljini, Mostaru, Nevesinju i Brčkom.
Šešelj je, po novim navodima, u tim općinama sudjelovao u progonu kroz "istrebljivanje i ubijanje mnogih hrvatskih, muslimanskih i nesrpskih civila, uključujući žene, djecu i starce".
Optuženi i njegova paravojna skupina "šešeljevci" dodatno se terete za ubojstvo više od 500 Bošnjaka, Hrvata i drugih nesrba na području Zvornika, Sarajeva, Bijeljine, Mostara i Nevesinja 1992/93.
Među 14 točaka optužnice za zločine protiv čovječnosti i kršenja ratnog prava i običaja počinjene protiv nesrba u Hrvatskoj, BiH i Vojvodini, Šešelja se tereti za progon, istrebljenje i ubojstva, zatvaranje, mučenje, okrutno postupanje, deportacije i prisilno premještanje stanovništva, te za bezobzirno uništavanje i pljačku javne i privatne imovine.
Šešelj, čelnik najveće oporbene stranke u Srbiji, Srpske radikalne stranke, koja prema posljednjim anketama uživa podršku 30 posto birača, u pritvoru ICTY-a je od dobrovoljne predaje 24. veljače 2004. Uz Slobodana Miloševića, jedini je haški optuženik koji traži da se brani sam. Tužiteljstvo je predložilo da mu se sudi zajedno s bivšim čelnicima pobunjenih Srba u Hrvatskoj Milanom Martićem i Goranom Hadžićem, te bivšim vodećim ljudima Službe državne sigurnosti Srbije (SDB) Jovicom Stanišićem i Frankom Simatovićem.