Halilovića (53) se tereti po zapovjednoj odgovornosti u jednoj točki za ubojstvo kao kršenje ratnog prava i običaja, zbog ubojstva 33 Hrvata u Grabovici, kod Jablanice, 8. i 9. rujna 1993., i ubojstva 29 Hrvata u selu Uzdol, kod Prozora, 12. rujna 1993. tijekom hrvatsko-bošnjačkog sukoba u BiH.
U vrijeme na koje se odnosi optužnica, Halilović je kao zamjenik zapovjednika glavnog stožera Armije BiH, vodio operaciju "Neretva 93". Ta ofenzivna operacija Armije BiH imala je za cilj zauzimanje teritorija od Bugojna do Mostara, koji se nalazio u rukama Hrvatskog vijeća obrane (HVO), i deblokadu Mostara.
Halilović se dobrovoljno predao Haškom sudu 25. rujna 2001., na prvom pojavljivanju se izjasnio da nije kriv, a na privremenu slobodu pušten je 13. prosinca 2001.
Suđenje mu je trajalo od 31. siječnja do 14. srpnja ove godine, a završne riječi optužbe i obrane održane su 30. i 31. kolovoza. Tužiteljstvo je za Halilovića tražilo kaznu od 10 godina zatvora, a obrana oslobađajuću presudu. Nakon dovršetka suđenja Halilović je pušten na slobodu do izricanja presude.