Margetić je optužen zajedno s nakladnikom lista Stjepanom Šešeljom zbog objave u Hrvatskom slovu, studenog 2004., identiteta i iskaza zaštićenog svjedoka optužbe sa suđenja Tihomiru Blaškiću 1998.
U ustavnoj tužbi Margetić navodi da su protiv osporavane haške optužnice "iscrpljena sva sredstva pravne zaštite", iako bi se glavna rasprava u postupku pred ICTY-em tek trebala održati.
U tužbi navodi da su mu haškom optužnicom povrijeđena ustavna prava na "slobodu mišljenja, slobodu govora i javnog nastupa" te kao novinaru na "slobodu izvještavanja i pristupa informaciji".
Također ističe da mu je povrijeđeno pravo na "slobodu savjesti" iz čl.40 Ustava, kao i "pravo na slobodu kulturnog stvaralaštva" iz čl.68, kamo, po njemu, pripada i novinarski rad.
Margetić u tužbi opširno obrazlaže činjenice i razloge na kojima temelji tvrdnje o povredi ustavnog prava, navodeći kako je ICTY optužnicom protiv hrvatskih novinara prekršio ne samo svoj Statut i Pravilnik o postupku i dokazima, već i Ustavni zakon RH o suradnji s Haškim sudom. U obrazloženju navodi i brojne potencijalno oslobađajuće dokaze za budući proces pred ICTY-em.
Zbog haške optužnice i nemogućnosti da sam financira obranu Margetić se više puta obraćao za pomoć Ministarstvu pravosuđa i međunarodnim novinarskim udrugama, a stupio je i u štrajk glađu.
Zbog financijskih teškoća otkazao je punomoć odvjetniku Željku Dumančiću i nedavno obavijestio ICTY da će se braniti sam.