Zajedno s Haradinajem, optuženi su i njegovi dozapovjednici iz Operativne zone "Dukagjin" Oslobodilačke vojske Kosova (OVK), Lahi Brahimaj i Idriz Balaj. Sva trojica su u srijedu, nakon dolaska u Den Haag i dobrovoljne predaje, smješteni u pritvor ICTY-a.
Tereti ih se za sudioništvo u udruženom zločinačkom pothvatu s ciljem učvršćenja potpune kontrole OVK-a nad zapadnim dijelom Kosova, poznatim kao Metohija, da su napadali, progonili i nasilno uklanjali srpske civile te nasiljem priječili svaki oblik suradnje Albanaca i Roma sa Srbima.
Ramush Haradinaj (36), poznat kao "Smajl", zapovjednik operativne zone, optužen je u 17 točaka za zločine protiv čovječnosti zbog progona, ubojstava, silovanja, deportacija, zatočenja civila i drugih nehumanih djela. U 20 točaka optužen je za kršenje ratnog prava i običaja zbog okrutnog postupanja, ubojstava i silovanja.
Idriz Balaj (34), poznat kao "Togeri", zapovjednik posebne postrojbe OVK "Crni orlovi", podređene izravno Haradinaju, te Lahi Brahimaj (35), poznat kao "Cigan", dozapovjednik operativne zone, optuženi su u 16 točaka za zločine protiv čovječnosti i u 19 za kršenje ratnog prava i običaja.
Svi zločini na koje se optužnica odnosi počinjeni su između 1. ožujka i 30. rujna 1998. na teritoriju kosovskih općina Dečani, Peć, Đakovica, Istok i Klina protiv srpskog civilnog stanovništva i onih Albanaca i Roma za koje se smatralo da surađuju sa Srbima ili da ne podupiru OVK.
Haradinaja, Balaja i Brahimaja tereti se po individualnoj kaznenoj odgovornosti da su planirali, poticali, naređivali, počinili ili na druge načine pomagali i podržavali počinjenje zločina.
U optužnici se navodi da su nakon 24. ožujka 1998. snage pod zapovjedništvom Haradinaja provodile kampanju progona srpskih civila s područja između sela Glođane, Dečani, Dubrava, Rznić, Ratiš i Dašinovac i da su napadali izbjeglički logor Babaloć.
Snage OVK su zastrašivanjem, premlaćivanjem ili na druge načine izbacivale srpske i romske civile iz tih sela, ubijajući one koji su odbijali otići, navodi se u optužnici.
Također se dodaje da su u zoni "Dukagjini" pripadnici OVK oteli brojne civile, među kojima su desetine nestale.
Haradinaja i druge tereti se da su u kolovozu 1998. uspostavili zatočenički logor Jablanica, u kojem je mučeno, ubijeno i nestalo najmanje 16 civila.
Optužnica navodi da su srpske snage u kolovozu i rujnu 1998. preuzele nadzor nad područjem oko Glođana gdje su njihovi forenzičari u kanalu koji vodi do jezera Radonjić i na farmi Ekonomija kod Rznića našli tijela ili dijelove tijela 39 žrtava, ranije nestalih srpskih, romskih i albanskih civila.
U optužnici se ističe da je Haradinaj, koji je prije rata na Kosovu radio kao izbacivač u Švicarskoj, snage OVK držao disciplinirano u čvrstoj hijerarhiji, da je isključio sve druge suparničke skupine OVK iz regije. Svoju je kuću koristio kao stožer, a pri uspostavi kontrole oslanjao se na brojne članove obitelji Haradinaj.
Navodi se da je znao osobno narediti i sudjelovati u premlaćivanju zatočenih civila, da je osobno sudjelovao u otmicama civila koji su kasnije nađeni mrtvi ili da je prešutno odobravao kažnjivo ponašanje podređenih, uključujući egzekucije zatočenih.
Balaja se tereti da je, kao zapovjednik "Crnih orlova", također osobno sudjelovao u otmicama, premlaćivanju i ubojstvima civila.
Brahimaja optužnica tereti za premlaćivanja, mučenje i ubojstva zatočenika u logoru Jablanica, kojim je zapovjedao.