Halilović, bivši ministar u vladi BiH, optužen je 2001. godine zbog ubojstva 62 hrvatska civila i jednog zarobljenog vojnika HVO-a u selima Grabovica i Uzdol u rujnu 1993., koja su počinile snage Armije BiH pod njegovim zapovjedništvom.
Optužnica ga u jednoj točki tereti po zapovjednoj odgovornosti za ubojstvo kao kršenje ratnog prava i običaja.
Halilović, načelnik Glavnog stožera Armije BiH i član ratnog predsjedništva BiH, u kolovozu 1993. imenovan je zapovjednikom operacije "Neretva '93" s ciljem zauzimanja teritorija u rukama HVO-a, od Bugojna do Mostara.
Tijekom te operacije počinjeni su neki od najtežih zločina nad Hrvatima, koje Halilović prema optužnici nije spriječio niti kaznio počinitelje. Na dan 8. rujna u Grabovici su ubijena 33 hrvatska civila, među kojima i cijele obitelji, a 15. i 16. rujna u Uzdolu 29 civila Hrvata i jedan zarobljeni vojnik HVO-a.
Tužitelj Ekkehard Withopf najavio je izvođenje 46 svjedoka, od kojih će osam dati samo pisani iskaz.
Halilović se dobrovoljno predao Haškom sudu 2001., a krajem te godine pušten je na slobodu do početka suđenja.