Iako je većina privremeno okupiranih područja oslobođena vojno-redarstvenim akcijama "Bljesak" i "Oluja", tadašnji hrvatski državni čelnici odlučili su, na miran način, vratiti okupirane dijelove istočne Slavonije pa je, nakon nekoliko sastanaka i pregovora s predstavnicima lokalnih Srba iz Podunavlja, početak mirovnog procesa označilo potpisivanje Temeljnoga (erdutskog) sporazuma o istočnoj Slavoniji, Baranji i zapadnome Srijemu 12. studenoga 1995. u Erdutu i Zagrebu. Sporazum su potpisali predstojnik Ureda predsjednika RH Hrvoje Šarinić i vođa srpskoga pregovaračkog izaslanstva Milan Milanović te kao svjedoci tadašnji američki veleposlanik u RH Peter Galbraith i posrednik UN-a Thorvald Stoltenberg.
Sporazum je, među ostalim, predviđao prijelazno razdoblje od godinu dana koje može biti produljeno najviše za još jednu godinu, uspostavu prijelazne uprave UN-a i raspoređivanje međunarodnih snaga koje će održavati mir i sigurnost te uspostavu privremenih policijskih snaga. Po tom je sporazumu prijelazna uprava trebala omogućiti povratak izbjeglica i prognanika, on je jamčio pravo na povrat imovine oduzete nezakonitim postupcima te je odredio da će prijelazna uprava organizirati lokalne izbore. Erdutski sporazum također je svim osobama jamčio pravo na povrat imovine koja im je oduzeta nezakonitim postupcima ili koju su morali napustiti silom te pravednu naknadu za vlasništvo koje im ne može biti vraćeno. Prijelazna uprava UN-a u istočnoj Slavoniji - UNTAES (UN Transitional Authority in Eastern Slavonia) uspostavljena je Rezolucijom Vijeća sigurnosti UN-a 1037 od 15. siječnja 1996., a za prijelaznog upravitelja imenovan je umirovljeni američki general Jacques Paul Klein.
Za provedbu zadaća u procesu mirne reintegracije vlada je u Osijeku osnovala Ured privremene uprave za uspostavu hrvatske vlasti u istočnoj Slavoniji, Baranji i zapadnome Srijemu za čijeg je predstojnika imenovan Ivica Vrkić. Početak razminiranja i povratka proganika omogućen je procesom razvojačenja hrvatskoga Podunavlja i povlačanjem svih srpskih paravojnih postrojba s toga područja. Sporazum o završetku razvojačenja potpisan je u vukovarskoj vojarni 27. lipnja 1996., a prijelazna uprava UN-a preuzela je nadzor nad svim vojnim objektima u tome području.
Nakon razvojačenja, 1. srpnja počela je djelovati i prijelazna policija, koja je polovicom prosinca iduće godine uključena u sastav MUP-a RH. U jesen 1996. iz masovne grobnice na Ovčari ekshumirani su posmrtni ostatci 200 žrtava, hrvatskih branitelja i civila odvedenih iz vukovarske bolnice i ubijenih nakon okupacije grada. Te je godine za blagdan Svih Svetih više tisuća hrvatskih prognanika, prvi put nakon progonstva moglo obići groblja u mjestima pod prijelaznom upravom UN-a.
Vladin Ured privremene uprave za uspostavu hrvatske vlasti u Podunavlju 21. siječnja 1997. počeo je rad u ispostavama u Borovu i Belome Manastiru. Tri dana poslije, nakon šestogodišnjeg prekida, uspostavljen je promet cestom Vinkovci-Gaboš-Osijek, a 27. siječnja 1997., nakon pet i pol godina, promet željezničkom prugom Vinkovci-Tovarnik.
Vraćanjem naftnih polja u Đeletovcima u sustav Ine, početkom 1997. označen je početak reintegracije javnih poduzeća i gospodarstva, a 7. veljače te godine, s predstavnicima lokalnih Srba dogovoren je početak primjene hrvatskoga zakonodavstva.
Jedan od najvažnijih trenutaka za ponovnu uspostavu legalne hrvatske vlasti u Podunavlju bilo je održavanje lokalnih izbora za općinska i gradska vijeća te osječko-baranjsku i vukovarsko-srijemsku Županijsku skupštinu 13. travnja 1997. Na izborima HDZ je pobijedio u 15 općina i gradu Iloku, a SDSS u deset općina i u Belome Manastiru. U Vukovaru su se dvije stranke dogovorile o podjeli vlasti, a za gradonačelnika je izabran Vladimir Štengl (HDZ). Hrvatsko Podunavlje reintegrirano je u platni sustav RH 19. svibnja 1997. odlukom prijelaznog upravitelja Jacquesa Kleina o uvođenju hrvatske kune.
Nakon provedenih izbora u Podunavlju je 23. travnja radi dvosmjernog povratka otvoreno šest ispostava vladina Ureda za prognanike i izbjeglice, a predstojnik tog ureda Lovre Pejković predao je 9. srpnja 1997. u Iloku povratničke kartone iločkome gradonačelniku Stipanu Kraljeviću i članovima gradske uprave, čime je i službeno počeo proces povratka prognanika.
Podizanjem hrvatskoga stijega na graničnim prijelazima prema tadašnjoj Saveznoj Republici Jugoslaviji u hrvatskome Podunavlju i otkrivanjem ploča s natpisima hrvatske carine, 14. srpnja 1997. počelo je uvođenje hrvatskoga carinskog sustava.
Odlukom glavnog tajnika UN-a, 1. kolovoza 1997. prijelaznog upravitelja za hrvatsko Podunavlje Jacquesa Paula Kleina zamijenio je na toj dužnosti William Walker. Kako bi se omogućili povratak i pomirba u Podunavlju, u listopadu 1997. osnovan je Nacionalni odbor za uspostavu povjerenja, ubrzanog povratka i normalizaciju života na ratom stradalim područjima Hrvatske, čijom je predsjednicom imenovana tadašnja zamjenica predstojnika Ureda predsjednika Vesna Škare-Ožbolt.
Prvi hrvatski predsjednik Franjo Tuđman nekoliko je puta, tijekom mirne reintegracije, posjetio hrvatsko Podunavlje - prvi put 3. prosinca 1996., a zatim i 8. lipnja 1997., kada je "Vlakom mira" stigao u Vukovar.
Tada je rekao kako dolazak vlakom u Vukovar "nije samo početak konačnog povratka prognanika, nego i dokaz svekolike skrbi hrvatske vlasti, svih hrvatskih javnih institucija da se to razoreno područje što prije izgradi i što prije uvrsti u svekoliki društveni, gospodarski i kulturni život hrvatske domovine".
Podsjetio je kako su hrvatske vlasti dale opći oprost, amnestiju i pomilovanje za sve one koji nisu počinili ratne zločine te je pozvao na dosljednu provedbu politike pomirenja, mira i stvaranja uvjeta za suživot.
Vijeće sigurnosti UN-a dalo je Rezolucijom 1145 od 19. prosinca 1997. punu potporu završetku mandata misije UNTAES-a u predviđenom roku 15. siječnja 1998. Završetak misije UNTAES-a i mirne reintegracije hrvatskoga Podunavlja obilježen je tog dana na svečanosti u kinodvorani u Borovu Naselju te dan poslije u Zagrebu podjelom povelja zahvalnosti i spomen-medalja "Vukovar" zaslužnima za dovršetak tog procesa.
Na svečanosti u Borovu Naselju posebni izaslanik glavnog tajnika UN-a Bernard Miyet naglasio je kako je misija UNTAES-a uspješno postigla ciljeve zbog kojih je uspostavljena, a prijelazni upravitelj William Walker rekao je kako je, unatoč nekim početnim predviđanjima neuspjeha mirne reintegracije, u regiji zavladao mir, a većina stanovnika prihvatila hrvatsku vlast.
Na svečanosti u Zagrebu predsjednik Tuđman istaknuo je kako su "predajom hrvatskog Podunavlja službenim predstavnicima hrvatske vlasti konačno završene agresija na Hrvatsku i okupacija posljednjeg dijela njezina teritorija, a dolaskom na svoju granicu na Dunavu, hrvatski je narod potvrdio svoju veličanstvenu pobjedu u nametnutome mu ratu".