Županijski sud u Zadru u travnju 1997. osudio je u odsutnosti Perišića na 20 godina zatvora za kazneno djelo protiv čovječnosti i međunarodnog prava odnosno za ratni zločin protiv civila koji je počinjen u rujnu i listopadu 1991. godine. Sud je istodobno osudio za to djelo i 18 oficira tadašnje JNA te im je izrekao kazne zatvora u trajanju od 10 do 20 godina.
Obrazlažući presudu sudac Dubravko Krpina tada je kazao kako je njihova odgovornost nedvojbeno utvrđena među ostalim i izravnim svjedočenjem dvojice bivših pripadnika jugoslavenske vojske o Perišićevim zapovijedima za topničke napade na Zadar. Na temelju provedenih dokaza, iskaza saslušanih svjedoka i pregleda zapisnika i fotodokumentacije sud je zaključio da je prvooptuženi general Momčilo Perišić izdavao zapovijedi da se topništvom napadaju civilni objekti u Zadru.
U napadima na Zadar u rujnu i listopadu 1991. godine ubijeno je više od 30 osoba, a više od 120 gospodarskih, crkvenih, stambenih i drugih objekata oštećeno je ili srušeno.