Sudsko vijeće je u prvostupanjskoj presudi utvrdilo da su jugoslavenski oficiri podređeni Perišiću i upućeni preko 40. kadrovskog centra Vojske Jugoslavije u snage pobunjenih hrvatskih Srba (SVK), počinili ratni zločin protiv Zagreba te da je general Perišić imao nad njima efektivnu kontrolu ali ih nije kaznio zbog zločina.
"Većina utvrđuje da je postojao odnos nadređeni-podređeni u relevantno vrijeme između generala Perišića i počinitelja zločinačkih napada na Zagreb 2. i 3. svibnja 1995. Većina utvrđuje da general Perišić, iako je odmah obaviješten o oba raketna napada na Zagreb, nije poduzeo razumne i neophodne mjere da kazni počinitelje čiji su teški zločini ostali nekažnjeni", kazao je sudac Bakone Moloto čitajući obrazloženje presude.
Za razliku od toga vijeće je utvrdilo da Perišić nije odgovoran za propuste kažnjavanja podređenih u slučaju zločina počinjenih u BiH jer nije imao efektivnu kontrolu nad oficirima Vojske Jugoslavije koji su bili u sastavu vojske bosanskih Srba.
"Dokazi pokazuju da general Perišić nije mogao nametnuti obvezujuće zapovijedi generalu Mladiću koji je održao određenu mjeru neovisnosti tijekom rata", zaključilo je sudsko vijeće.
Dok su trojica sudaca u presudi utvrdila da je Perišić kriv za pomaganje ubojstvima kao djelu povrede ratnog prava i običaja u Srebrenici smatrali su da nije mogao predvidjeti razmjere pokolja u Srebrnici u srpnju 1995. te su odlučili da nije kriv za djelo istrebljenja u Srebrenici kao zločin protiv čovječnosti.
Vijeće je u pogledu raketiranja Zagreba utvrdilo da su snage hrvatskih Srba raketiranjem Zagreba 2. i 3. svibnja 1995., u kojem je prema vijeću poginulo sedam osoba i ranjeno stotinu osoba, "počinile zločin ubojstva kao zločina protiv čovječnosti, ubojstvo kao povredu ratnog prava i običaja, nečovječna djela kao zločin protiv čovčječnosti i napade na civile kao ratni zločin".
Vijeće je također utvrdilo da je vojska Republike Srpske (VRS) nedvojbeno počinila zločine u Sarajevu, odnosno dvogodišnji topnički i snajperski teror stanovnika Sarajeva u kojem su ubijene stotine i ranjene tisuće Sarajlija, te u Srebrenici gdje je počinjen masakr tisuća muslimanskih muškaraca u srpnju 1995. godine.
Suci su utvrdili da je general Perišić pružao i nadzirao logističku pomoć snagama bosanskih i hrvatskih Srba te da je primao sve potrebne informacije o zločinima koje su te snage činile tijekom rata u BiH. U obrazloženju presude napominje se da je prema riječima samoga Perišića u srpskim vojskama u BiH i Hrvatskoj u 1993. bilo više od sedam tisuća oficira VJ koji su preko kadrovskih centara, koje je uspostavio Perišić i čije je postojanje držano u tajnosti, upućeni na služenje u te dvije vojske.
"Većina utvrđuje da su djela generala Perišića značajno pridonijela zločinima VRS", zaključilo je sudsko vijeće.
Što se tiče uloge Beograda, vijeće je zapisalo kako je "Vrhovni savjet obrane SRJ dao generalu Perišiću i Vojsci Jugoslavije ovlasti da pruži logističku potporu VRS i SVK".
Haaško tužiteljstvo u završnim je riječima u ožujku ove godine zatražilo da se Perišića proglasi krivim i izrekne kazna doživotnoga zatvora.
Perišić je u pritvor haaškoga suda dobrovoljno stigao 7. ožujka 2005. godine, a do početka suđenja 2. listopada 2008. godine vrijeme je proveo na privremenoj slobodi.
Ni obrana ni haaško tužiteljsvo još se nisu izjasnili hoće li se žaliti na presudu.