Petković je 30. lipnja 1993. izdao zapovijed za uhićenjem tisuća muslimanskih muškaraca znajući da se o tim zarobljenicima neće moći pružiti odgovarajući uvjeti, ustvrdila je tužiteljica Kimberly West istaknuvši da je "jedino objašnjenje da je Petković bio odan i predan udruženom zločinačkom pothvatu".
U lipnju i srpnju 1993. na području Herceg-Bosne uhićene su tisuće Bošnjaka i odvedeni u logore za što Den Haag tereti političke i vojne čelnike bosanskih Hrvata.
Petkovićevo sudjelovanje u udruženom zločinačkom pothvatu tužiteljica smatra dokazanim i činjenicama da je Petković sudjelovao na političkim sastancima na najvišoj razini, kako s predstavnicima Hrvatske tako i s predstavnicima Srba uključivši i zapovjednika snaga bosanskih Srba generala Ratka Mladića s kojim su čelnici bosanskih Hrvata, prema Mladićevim ratnim dnevnicima, pregovarali o podjeli BiH.
Tužiteljica West smatra da je, unatoč tvrdnjama obrane da Petković nije primao izviješća od podređenih brigada niti im je mogao zapovijedati, tužiteljstvo svjedocima i Petkovićevim zapovjedima dokazalo da je imao punu kontrolu nad vojnim snagama koje su, kako se navodi u optužnici, sudjelovale u progonu i napadima na stanovništvo. Kao primjer efektivne kontrole navela je Petkovićevu prijetnju muslimanskim snagama da će 4. korpus Armije BiH biti blokiran a njegov zapovjednik Arif Pašalić uhićen što se vrlo brzo i dogodilo.
Bivši čelnici samoproglašene HR Herceg Bosne - premijer Jadranko Prlić, ministar obrane Bruno Stojić, zapovjednici HVO-a generali Slobodan Praljak i Milivoj Petković, zapovjednik vojne policije HVO-a Valentin Ćorić te šef komisije za razmjenu zarobljenika Berislav Pušić optuženi su za zločine protiv čovječnosti počinjene u okviru udruženog zločinačkog pothvata protiv Bošnjaka i drugih nehrvata na područjima BiH koje su htjeli pripojiti Hrvatskoj.