Pošto je preispitalo pravomoćnu presudu, kojom je osuđen na 17 godina zatvora, žalbeno vijeće je prihvatilo argument Šljivančaninove obrane i zaključilo da on nije znao za povlačenje vojnih policajaca s Ovčare, pa prema tome nije kriv za ubojstva 194 hrvatska ratna zarobljenika na toj farmi pokraj Vukovara u studenom 1991.
Suci su u trećoj i konačnoj presudi ipak zaključili da je Šljivančanin kriv za mučenje zarobljenika te mu odredili kaznu od deset godina zatvora, u koju će se uračunati vrijeme provedeno u pritvoru.
Tom je presudom prvi put u povijesti ICTY-ja, koji je osnovan 1993., preinačena neka pravomoćna presuda.
Šljivančanin, bivši načelnik za sigurnost gardijske brigade JNA, u prvostupanjskom je postupku u rujnu 2007. osuđen na pet godina zatvora za mučenje vukovarskih zarobljenika te je odmah pušten na slobodu jer je izdržao veći dio kazne. No u svibnju 2009. žalbeno ga je vijeće proglasilo krivim za pomaganje u ubojstvima te mu je pravomoćnom presudom povećalo kaznu na 17 godina zatvora.
Temelj za preispitivanje i izmjenu pravomoćne presude bio je iskaz svjedoka, umirovljenog oficira JNA Miodraga Panića. On je tvrdio da 20. prosinca 1991. nije čuo da je Mile Mrkšić, zapovjednik gardijske brigade JNA, izvijestio Šljivančanina o povlačenju vojnih policajaca s Ovčare, čime su zarobljenici ostavljeni na milost i nemilost srpskih paravojnih postrojba.
Suci, koji su razmatrali pravomoćnu presudu, zaključili su da je Panićev iskaz vjerodostojan i da je dokazana "nova činjenica", odnosno da Šljivančanin nije znao za povlačenje JNA s Ovčare, pa i ne može biti odgovoran za masakr na Ovčari 20. i 21. prosinca 1991.
"Zanemarivanje te informacije dovelo bi do pogrešne osude", izjavio je u sudnici predsjedatelj sudskog vijeća Theodor Meron. "Nova činjenica o kojoj je svjedočio Panić kosi se sa zaključkom iz pravomoćne presude da je Šljivančanin kriv za pomaganje u ubojstvima", zaključio je Meron čitajući konačnu presudu jednom od pripadnika tzv. vukovarske trojke.
Žalbeno vijeće je stoga, na temelju Panićeva iskaza, ukinulo Šljivančaninovu osudu za pomaganje u ubojstvima 194 hrvatska zarobljenika, poništilo kaznu od 17 godina zatvora i izreklo novu kaznu od 10 godina zatvora, dok u svim ostalim dijelovima pravomoćna presuda ostaje na snazi.
Šljivančaninova obrana je u postupku preispitivanja pravomoćne presude tražila da revizija ne rezultira kaznom višom od šest godina zatvora.
Veselin Šljivančanin uhićen je u Beogradu 13. lipnja 2003., u pritvor Haaškog suda u Scheveningenu prebačen je 1. srpnja 2003., a suđenje je počelo 11. listopada 2005.
U pritvoru je bio tijekom prvostupanjskog postupka, a iz njega je pušten u prosincu 2007. pošto je odslužio 90 posto kazne od pet godina zatvora.
U Scheveningen se vratio 4. svibnja 2009., dan uoči izricanja pravomoćne presude kojom je bio osuđen na 17 godina zatvora.
Druga dva pripadnika tzv. vukovarske trojke su zapovjednik gardijske brigade JNA Mile Mrkšić, koji je osuđen na 20 godina zatvora, te kapetan JNA Miroslav Radić, koji je oslobođen optužbe.