Za potpredsjednike su ponovno izabrani dosadašnji potpredsjednici akademik Pavle Dešpalj i akademkinja Alica Wertheimer-Baletić, te akademik Slavko Cvetnić za glavnog tajnika.
Izabrano je i pet članova u Predsjedništvu HAZU, a to su akademici Nenad Trinajstić, Ivan Gušić, Antun Dubravko Jelčić, Boris Magaš i Stjepan Jecić.
Potvrđeni su i tajnici Akademijinih razreda. Jedino su umjesto dosadašnjih tajnika Razreda za društvene znanosti i Razreda za glazbenu umjetnost i muzikologiju akademika Dušana Bilandžića i Ivana Supičića, koji su se povukli s tih dužnosti, izabrani akademik Tomislav Raukar i akademkinja Koraljka Kos.
Predsjedništvo Akademije čini Uprava, a to su predsjednik, dvojica potpredsjednika i glavni tajnik, zatim pet članova koji se biraju po razredima. U Predsjedništvo ulaze i tajnici devet Akademijinih razreda. Mandat novog vodstva HAZU počinje od 1. siječnja 2007. i traje do 31. prosinca 2009.
Glavni tajnik akademik Cvetnić podnio je izvješće o radu Akademije u razdoblju od 2004. do 2006. godine. U izvješću se, među ostalim, navodi da su u proteklom razdoblju Akademijine znanstveno-istraživačke jedinice radile na oko pedesetak matičnih projekata. HAZU je u protekle tri godine tiskao oko 250 svezaka u nakladi od oko 155.000 primjeraka. U tom razdoblju na uređenje kapitalnih projekata u Akademijinu vlasništvu uloženo je više od 17 milijuna kuna, rečeno je.
Za financiranje Akademije u 2007. planirana su sredstva iz državnoga proračuna u iznosu od 62 milijuna i 124.000 kuna što je, navodi se u izvješću, za gotovo osam milijuna kuna manje od planiranih sredstava za 2005. Procjenjeno je da dugoročno takav pristup financiranju dovodi u pitanje njezino normalno funkcioniranje HAZU, pa je Uprava Akademije zatražila da se u državnom proračunu za 2007. osiguraju sredstva u iznosu od 68 milijuna i 638.000 kuna.
Svi članovi Akademije osim akademika Vlatka Silobrčića prihvatili su izvješće. On je postupke oko izbora čelništva te institucije ocijenio neprikladnim. Obrazložio je to činjenicom da se uvriježilo pravilo da isti ljudi po dva mandata budu na vodećim položajima, od razrednog tajnika (što znači i člana Predsjedništva), glavnog tajnika, potpredsjednika i predsjednika. To znači da su neki članovi po 24 u Predsjedništvu a po dvanaest godina u Upravi.
Zamjerio je da se kandidati za izbore ne predstavljaju članstvu, da se ništa ne zna o njihovim programima i koncepciji vođenja Akademije u važnim vremenima globalizacije i pristupanja Hrvatske Europskoj uniji. Umjesto programa nude se samo životopise, istaknuo je Silobrčić i dodao da to izgleda kao da ih se prvi put bira i da se o njima dovoljno ne zna.
Zaključujući skupštinu akademik Moguš je zahvalio članovima u ime izabranih na ukazanom povjerenju, te dodao da su izbori provedeni na najlegalniji način.