Za potpredsjednike su ponovno izabrani dosadašnji potpredsjednici akademik Pavle Dešpalj i akademkinja Alica Wertheimer-Baletić, te akademik Slavko Cvetnić za glavnog tajnika.
Od 123 nazočnih na skupštini, akademik Moguš dobio je 104 glasa, akademik Dešpalj 106, Wertheimer-Baletić 103, te akademik Cvetnić 109 glasova.
Izabrano je i pet članova u Predsjedništvo HAZU, a to su: akademik Nenad Trinajstić (112 glasova) iz Razreda za matematičke, fizičke i kemijske znanosti, akademik Ivan Gušić (98 glasova) iz Razreda za prirodne znanosti, akademik Antun Dubravko Jelčić (101 glas) iz Razreda za književnost, akademik Boris Magaš (109 glasova) iz Razreda za likovne umjetnosti i akademik Stjepan Jecić (107 glasova) iz Razreda za tehničke znanosti.
Potvrđeni su i tajnici Akademijinih razreda.
Na skupštini je podnesno izvješće o radu Akademije u razdoblju od 2004. do 2006. Novi mandat članovima Uprave i novom Predsjedništvu počinje od 1. siječnja 2007. i traje do 31. prosinca 2009.