Šljivančanina je Haški sud, zajedno s generalima bivše JNA Miletom Mrkšićem i Miroslavom Radićem, optužio za zločine protiv čovječnosti zbog pokolja nad najmanje 264 hrvatska ranjenika i civila odvedena iz vukovarske bolnice na Ovčari 20. studenoga 1991.
Iznoseći svoju obranu Šljivančanin je ustvrdio da su se u bolnicu nakon ulaska JNA u Vukovar sakrili pripadnici Zbora narodne garde te da su muškarci zatečeni u bolnici koji nisu bili ranjeni izdvojeni i odvedeni u kasarnu JNA na ispitivanje zbog sumnje da su činili kaznena djela, prenosi agencija Beta.
Šljivančanin je izjavio i da su pripadnicima JNA pri odvajanju vukovarskih branitelja koji su se sakrili u bolnici pomagali liječnici bolnice, među kojima je bio dr. Juraj Njavro. "Posebno naglašavam da su nam najveću pomoć u nalaženju tih ljudi koji su počinili kaznena djela dali doktori vukovarske bolnice koje nisam pitao koje su nacionalnosti, između ostalih i dr. Juraj Njavro koji je sudjelovao u toj trijaži", rekao je Šljivančanin, prenosi Jutarnji list u izdanju od subote.
"U hodniku me čekala grupa ljudi u bijelim mantilima. Raspitivali su se kad će evakuacija i svi su mi imali nešto reći. Neki su govorili da žele surađivati s JNA, da u bolnici ima puno nepoznatih ljudi, pa čak i oružja. Jedan od njih koji se predstavio kao doktor kirurgije mi je rekao da je on operirao naše vojnike JNA te da želi da nam pomogne. Ispričao je da je na njega prošle noći izvršen pritisak i da je pod prijetnjom morao previjati zdrave ljude kako bi se prikrili među ranjenike", izjavio je Šljivančanin i ustvrdio da je ujutro saznao da je bila riječ o dr. Njavri.
Dr. Juraj Njavro je za isto izdanje Jutarnjeg lista izjavio kako je i očekivao da će Šljivančanin lagati sudu kako bi izbjegao kaznu. "Šljivančanin govori čiste laži. Moram priznati da sam to i očekivao jer nije prvi put da Šljivančanin laže i podmeće", rekao je Njavro.
Optuženi Šljivančanin također niječe navode optužbe da je spriječio predstavnika međunarodnog Crvenog križa da uđe u bolnicu te tvrdi da nije bilo primjedbi na odvođenje civila i ranjenih iz bolnice.
"Nikakvih primjedbi na evakuaciju ranjenika i civila tamo nije bilo, a mogli su kontaktirati i s europskim promatračima i novinarima", tvrdi Šljivančanin. Veselin Šljivančanin je također rekao da u dvorištu vukovarske bolnice nije čuo nikakve prijetnje te da ne zna kako su zarobljeni završili na Ovčari.