Sud je utvrdio da je Paunović kao jedan od zapovjednika vojske bosanskih Srba za područje Rogatice odgovoran za ratne zločine nad Bošnjacima koji su živjeli u toj općini.
U presudi se navodi da je nedvojbeno dokazano da je u kolovozu izravno sudjelovao u ubojstvu 27 Bošnjaka koji su najprije zarobljeni a potom kao "živi štit" povedeni prema položajima koje je držala Armija BiH.
Oni koji su to preživjeli kasnije su po Paunovićevoj zapovijedi strijeljani a u njihovoj likvidaciji i osobno je sudjelovao.
Paunović je u pritvoru Suda BiH od ožujka 2005. godine a sudskom odlukom on će tamo i ostati sve do izricanja pravomoćne presude.